Iako obojica predstavljaju alternativne lijekove, čudno je kako vjernici ove dvije medicinske znanosti nikada nisu uspoređivali jedan s drugim, već uvijek s alopatskim lijekovima.
Ayurvedici se u jugoistočnoj Aziji nalaze u praksi za ione, dok homeopatija postoji u praksi već tri stoljeća. Oboje slijede različitu filozofiju u liječenju bolesti. Dok ajurvedski lijek nadopunjuje znanstvene alopatske lijekove, homeopatija je protiv. Vjernici ayurvedskih lijekova tvrde da prirodnost ne može štetiti.
Ayurveda vjeruje u sprječavanje bolesti dok se homeopatija temelji na liječenju bolesti. Joga, dio ayurvedske forme medicine koristi se u cijelom svijetu kao oblik liječenja i široko je prihvaćena u naučnoj zajednici. U ayurvedskoj medicini bilje i masaže koriste se u nevolji i smatraju se prirodnijima.
U Ayurvedi se vjeruje da čovjek može ostati bez bilo koje bolesti zadržavanjem toksina iz svog tijela. Također koristi oralne lijekove od bilja i začina, kao i kirurške postupke za izbacivanje toksina iz tijela; na taj način izliječiti bolesti i razne tegobe. U homeopatiji se bolesti liječe unošenjem simptoma sličnih onima bolesti u mnogo razrijeđenom obliku. Vjeruje se da će to pomoći životnoj snazi u neutraliziranju bolesti i time izliječiti bolesnika.
Prema filozofiji homeopatije, bolesti se ne kontaktiraju, ali su uvijek bile prisutne u nama. Vještaci homeopatije vjeruju da su ovi poremećaji u životnoj snazi glavni razlozi za bolesti te ih je potrebno ispraviti za liječenje bolesti.
Iako i Ayurveda i Homeopatija vjeruju u važnost pozitivnog uma, oni se uvelike razlikuju u oblicima liječenja. Homeopatija je uvijek bila kritična prema alopatskim lijekovima i vjeruje da bolesti liječene alopatskim lijekovima nikada u potpunosti ne napuštaju tijelo, već ih oni samo povlače i bolesti će se vratiti kad učinak tih lijekova nestane.
Valjanost ovih lijekova uvijek bi bila osporavana, a da nijedna strana strana ne popušta.