Razlika između BLAST-a i FastA-e

ključna razlika između BLAST-a i FastA-e je to BLAST je osnovni alat za usklađivanje dostupan na web stranici Nacionalnog centra za biotehnološke informacije, dok je FastA alat za pretraživanje sličnosti dostupan na web stranicama Europskog instituta za bioinformatiku.

BLAST i FastA dva su softvera koji se široko koriste kako bi se uspoređivale biološke sekvence DNK, aminokiselina, proteina i nukleotida različitih vrsta i tražile njihove sličnosti. Ti su algoritmi napisani imajući na umu brzinu. Jer, kad su znanstvenici uspjeli izolirati DNK u laboratoriju sredinom 1980-ih, pojavila se potreba uspoređivanja i pronalaska identičnih gena za daljnja istraživanja velikom brzinom. Otuda su ta dva softvera razvijena na način da korisnik može brzo pretraživati ​​slične sekvence s onim njihovih upita upita.

BLAST je kratica za Osnovni alat za pretraživanje lokalne prilagodbe i koristi lokalizirani pristup u usporedbi dviju sekvenci. FastA je softver koji se odnosi na Fast A gdje A stoji za sve. Ovdje softver djeluje s alfabetima poput Fast A za sekvenciranje DNA i Fast P za protein. I BLAST i FastA vrlo su brzi u uspoređivanju bilo koje baze podataka o genomima te su, prema tome, vrlo isplativiji i štede vrijeme.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je BLAST
3. Što je FastA
4. Sličnosti između BLAST-a i FastA-e
5. Usporedna usporedba - BLAST protiv FastA u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što je BLAST?

BLAST je jedan od najčešće korištenih bioinformatičkih softvera razvijen 1990. godine. Od tada je dostupan svima na web mjestu NCBI. Nadalje, svaka osoba može pristupiti ovom softveru i koristiti ga. Štoviše, BLAST je softver koji treba ulazne podatke ili sekvence u FastA formatu. Ali daje izlazne podatke u običnom tekstu, HTML ili XML formatu. BLAST djeluje na principu traženja lokaliziranih sličnosti između dvije sekvence i ukratko navodi slične sekvence, a nakon toga traži sličnosti u susjedstvu.

Slika 01: Rezultati BLAST-a

Stoga ovaj softver traži veliki broj sličnih lokalnih regija i daje rezultat postizanja granične vrijednosti. Međutim, ovaj se postupak razlikuje od ranijeg softvera, koji prvo pretražuje cijeli niz, a zatim mu usporedba, i stoga, oduzima puno vremena.

Osim gore provjere sličnosti, BLAST ima i mnoge druge svrhe, poput DNK preslikavanja, uspoređujući dva identična gena u različitim vrstama, stvarajući filogenetsko stablo itd..

Što je FastA?

FastA je softver koji usmjerava proteinske sekvence. David J. Lipman i William R. Pearson opisali su ovaj softver 1985. Iako je početna upotreba ovog softvera bila samo usporedba proteinskih sekvenci, njegova modificirana verzija mogla je uspoređivati ​​i DNK sekvence. Ovdje ovaj softver koristi princip statističkog pronalaska sličnosti između dvaju sljedova. Odgovara jedan slijed DNK ili proteina s drugim nizom metodom lokalnog poravnanja slijeda.

Slika 02: FastA

Ipak, traži lokalne regije za sličnost, ali ne i najbolje podudaranje dvaju sekvenci. Budući da ovaj softver ponekad uspoređuje lokalizirane sličnosti, može doći i do neusklađenosti. U slijedu, FastA zauzima mali dio poznat kao k-tuples, pri čemu taplesi mogu biti od 1 do 6 i podudaraju se s k-tupovima drugog niza. Na kraju postupka podudaranja, kad dosegne graničnu vrijednost, daje rezultat.

Koje su sličnosti između BLAST-a i FastA-e?

• BLAST i FastA su bioinformatički alati koji se koriste za usporedbu slijeda proteina i DNK radi sličnosti.
• Također oba programa koriste strategiju bodovanja za usporedbu nizova.
• Nadalje, oba alata daju vrlo točne rezultate.

Koja je razlika između BLAST-a i FastA-e?

BLAST je alat za provjeru sličnosti između bioloških nizova. S druge strane, FastA je još jedan program koji olakšava provjeru sličnosti nizova proteina i DNK. Međutim, u usporedbi s FastA, BLAST softver je vrlo popularan, jer daje preciznije i brže rezultate. Dakle, ovo je razlika između BLAST-a i FastA-e. Nadalje, za razliku od FastA, program BLAST moguće je izmijeniti prema potrebama korisnika. Stoga je ovo još jedna razlika između BLAST-a i FastA-e.

Podaci u nastavku o razlici između BLAST-a i FastA-e pružaju više detalja.

Pregled - BLAST i FastA

BLAST i FastA su dva programa koja korisniku omogućavaju da usporedi svoj slijed upita s nizovima u postojećim bazama podataka i provjeri sličnosti. Početna svrha FastA bila je usporediti samo proteinske sekvence. No, modificirana verzija ovog softvera olakšava usporedbu proteina i DNK. Iako je FastA dobar softver, većina ljudi koristi BLAST alat za poravnavanje jer je popularniji i daje preciznije i brže rezultate od FastA. Također, alat BLAST može se mijenjati prema potrebama korisnika. Ukratko, ovo sažima razliku između BLAST-a i FastA-e.

Referenca:

1.Madden, Thomas. "Alat za analizu slijeda BLAST." Aktuelna izvješća o neurologiji i neuroznanosti., Nacionalna medicinska knjižnica SAD-a, 15. ožujka 2013. Dostupno ovdje 

Ljubaznošću slike:

1. "CCDC132 Blast Rezultati" autor NCBI Blast - NCBI Blast, (javno vlasništvo) putem Commons Wikimedia  
2. ”Promotorska regija FAM149A (format FASTA)” Autor LarsonGCD - Vlastito djelo, (CC BY-SA 3.0) preko Commons Wikimedia