Razlika između tupog i ljepljivog završetka veze

Ključna razlika - Blunt vs Sticky End Ligation
 

Restriktivni endonuklezi su specifični enzimi koji režu dvolančane DNA (dsDNA). U molekularnoj biologiji poznate su i kao molekularne škare. Restriktivni enzimi mogu prepoznati specifične kratke sekvence dsDNA poznate kao mjesta prepoznavanja i cijepati fosfodiesterske i vodikove veze kako bi otvorili dvostruke lance. Kao rezultat cijepanja pomoću tih enzima, nastaju fragmenti DNA s različitim vrstama krajeva, poput ljepljivih krajeva i tupih krajeva. DNA ligaza je enzim koji se koristi u molekularnoj biologiji za spajanje dviju susjednih lanaca DNA formiranjem novih veza. Korak je poznat kao ligacija i prema vrsti DNA kraja ligiranog, može ih se nazvati tupim krajnjim ligacijama i ljepljivim završetkom ligacije. Ključna razlika između tupe i ljepljive završne vezive je ta vezivanje tupog kraja događa se između fragmenata DNA koji sadrže dva tupa kraja dok ljepljiva krajnja ligacija javlja se između 5 'i 3' preklopa. U usporedbi s tupim završnim ligacijama, ljepljivi završni ligacija je učinkovitija i stabilnija.

SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je Blunt End Ligation
3. Što je ljepljiva završna podloga
4. Usporedna usporedba - tupa i ljepljiva završna veza
5. Sažetak

Što je tupa završna veza?

Neke restrikcijske endonukleaze mogu rezati DNK na suprotnim bazama i stvoriti fragmente tupim krajem DNA. Ovi enzimi poznati su kao tupi rezači; oni se cijepaju ravno do sredine restriktivnog mjesta, ne ostavljajući jednostruke viseće baze. Tupi krajevi također su poznati i kao nepodignuti krajevi jer na krajevima nemaju 3 'i 5' prekrivne baze. Obje niti završavaju od baznih parova u tupim krajevima. Najčešći enzimi rezanja su: EcoRV HaeIII, AluI i SmaI.

Lepljenje tupih krajeva uključeno je između dva tupa kraja. To nije ligacija izbočenih baza. Ova ligacija je manje učinkovita od ljepljive završne ligacije. Međutim, u nekim slučajevima tupi ligacija postaje povoljnija od ljepljive završne ligacije, posebno kada se ligaraju PCR proizvodi. PCR proizvodi se uvijek proizvode s tupim krajevima. Tupa završna ligacija ne zahtijeva komplementarne krajeve u DNK za ligaciju.

Slika 01: Krajnja produkcija enzimom Eco RV

Što je ljepljiva završna veza?

Neke restrikcijske endonukleaze mogu smanjiti dsDNA, ostavljajući na kraju viši komad jednolančane DNK. Ovi su krajevi poznati kao ljepljivi ili preklopivi krajevi. Lepljiva krajnja ligacija nastaje između dva fragmenta DNK koji sadrže podudarajuće pregrade, jer su ljepljivi krajevi posjeđeni od neparnih baza i zahtijevaju se komplementarne baze za tvorbu veza. Stoga je potrebno koristiti isti restrikcijski enzim za oba izvora DNA kako bi se proizveli odgovarajući fragmenti.

Lepljiva krajnja ligacija je učinkovitija i često je poželjna u postupcima kloniranja. Postoji nekoliko restrikcijskih enzima koji daju ljepljive krajeve. To su EcoRI, BamHI, HindIII itd.

Slika 02: Ljepljiva krajnja proizvodnja enzimom Eco RI

Koja je razlika između Blunt i Sticky End Ligation-a?

Tupi vez protiv ljepljivog kraja
Lupljiva krajnja ligacija događa se između dva fragmenta DNA tupim krajem.	Lepljiva krajnja ligacija nastaje između dva podudarajuća fragmenta DNK s ljepljivim krajevima.
enzimi
Tupi rezači proizvode tupi krajevi.	Ljepljivi krajnji rezači proizvode ljepljive ili kohezivne krajeve.
Zahtjev odgovarajućih završetaka
Ne zahtijeva podudaranje fragmenata ili komplementarnih baza.	Za stvaranje parova podnožja potrebni su komplementarni temelji na krajevima.
efikasnost
Manje je učinkovit od ljepljivog završnog vezanja	Učinkovitiji je od tupih ligacija.

Pregled - Blunt vs Sticky End Ligation

Restriktivne endonukleaze mogu cijepati dsDNA i stvarati fragmente DNA s različitim krajevima. Prepoznaju specifične sekvence i ograničavaju DNK stvarajući ljepljive i tupim krajevima. Ljepljivi krajevi imaju nesparene baze na kraju ulomaka. Tupi krajevi nastaju uslijed ravnog cijepanja, a na krajevima imaju bazne parove. Ljepljiva krajnja ligacija zahtijeva dva komplementarna jednolančana DNK komada. Lupljiva krajnja ligacija javlja se između bilo koja dva fragmenta tupih krajeva. To je razlika između tupih i ljepljivih ligacija.

Reference:
1. Roberts, Richard J. "Kako su restrikcijski enzimi postali radne konji molekularne biologije." Zbornik radova Nacionalne akademije znanosti. National Acad Sciences, n.d. Mreža. 12. travnja 2017
2. Adnan, Amna. Upotreba restrikcijskih enzima u biotehnologiji. N.p., n.d. Mreža. 12. travnja 2017

Ljubaznošću slike:
1. "EcoRV Restriction Site.rsh" Ramin Herati - Napravljeno putem Inkscape-a (Public Domain) putem Commons Wikimedia
2. "Restriktivni enzim Eco RI" Tinastella - Vlastiti rad (Public Domain) putem Commons Wikimedia