Razlika između cDNA i Genomic Library

Ključna razlika - cDNA vs Genomic Library
 

Postoje dvije glavne vrste DNK biblioteka koje su izgradili znanstvenici koristeći tehnike genetskog inženjeringa. To su cDNA knjižnica i Genomic library. ključna razlika između cDNA i genomske biblioteke je to cDNA knjižnica sadrži kloniranu komplementarnu DNA ukupne mRNA organizma dok biblioteka genomske DNA sadrži klonirane fragmente cjelokupnog genoma organizma. Biblioteka genomske DNA veća je od biblioteke cDNA.

SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je knjižnica cDNA
3. Što je Genomska knjižnica
4. Usporedna usporedba - cDNA vs Genomic Library
5. Sažetak

Što je genomska knjižnica?

Biblioteka genomske DNK zbirka je klonova koji sadrže fragmente ukupne genomske DNK organizma. Sadrži cjelokupnu genomsku DNA tog organizma, uključujući kodirajuće i nekodirajuće sekvence. Izgradnja genomske biblioteke provodi se rekombinantnom DNK tehnologijom, a zatim kloniranjem (genetičkim inženjeringom). U konstrukciju su uključeni različiti koraci kao što je prikazano na slici 01. Proces započinje izolacijom genomske DNA. Upotrebom odgovarajućeg protokola ekstrakcije DNK, treba izolirati ukupnu genomsku DNK u organizmu. Tada bi DNK trebalo pretvoriti u obradive veličine ili u specifične fragmente restrikcijskim endonukleazama (enzimi za rezanje DNA). Fragmentirana DNK treba biti umetnuta u vektore pomoću DNA ligaza (enzima koji se pridružuju DNK). Vektor je samoponovljivi organizam. Plazmidi i bakteriofagi su najčešće korišteni vektori u tehnologiji rekombinantne DNA. Ti vezani vektori poznati su kao rekombinantne molekule DNK, jer nose i vlastite i umetnute DNK sekvence. Rekombinantni vektori su dodani u bakteriju domaćina i napravljeni su da prihvate rekombinantne vektore unutar bakterijske stanice. Bakterije s rekombinantnim vektorima (plazmidi) trebaju se uzgajati u kulturi. Tijekom bakterijskog umnožavanja, bakterijska DNA zajedno s rekombinantnim plazmidima replicira njihove genome i stvara klonove. Ti klonovi sadrže čitav genom izvornog organizma. Stoga se naziva genomska biblioteka. Plazmidi se mogu lako odvojiti od bakterijske kromosomske DNK da bi izgradili genomsku biblioteku tog organizma. Ako određeni organizam sadrži zainteresirane gene, lako ga je otkriti u genomskoj biblioteci hibridizacijom molekularnim sondama (markerima).

Genomske biblioteke važne su za proučavanje strukture i funkcije genoma, specifičnih gena, lokacije gena, mapiranja gena, mutacija, sekvenciranja gena, identifikacije novih terapijskih gena itd..

Slika_1: Izgradnja genomske biblioteke

Što je cDNA knjižnica?

Knjižnica cDNA je zbirka komplementarnih DNK (cDNA) klonova sintetiziranih iz ukupne mRNA organizma. Postupak gradnje uključuje različite korake. Pročišćavanje ukupne mRNA iz organizma je prvi korak. Izolirana mRNA pretvara se u cDNA lance postupkom koji se naziva obrnuta transkripcija. Reverznu transkripciju olakšava enzim zvan reverzna transkriptaza. Koristi mali 3 'primer i pokreće sintezu prvog cDNA lanca komplementarnog lanca mRNA. Rezultirajuća dvolančana cDNA pretvara se u manje fragmente pomoću restrikcijskih endonukleaza i ubacuje se u prikladne vektore. Te konstruirane rekombinantne molekule se zatim dodaju u organizam domaćina i uzgajaju u kulturi za proizvodnju klonova. Zbirka klonova koja sadrži fragmente cDNA organizma poznata je kao biblioteka cDNA. Potpuno narezana zrela mRNA ne sadrži introne i regulatorne regije. Stoga nekodirajući fragmenti nisu prisutni u knjižnicama cDNA za razliku od genomske biblioteke.

cDNA knjižnice su važne za analizu područja kodiranja, funkcija gena, ekspresije gena itd.

Slika_2: Izgradnja cDNA knjižnice

Koja je razlika između cDNA i Genomic Library?

cDNA vs Genomska knjižnica
cDNA biblioteka je zbirka klonova koji nose komplementarnu DNA u mRNA u organizmu	Genomska biblioteka je zbirka klonova koji nose ukupnu genomsku DNK u organizmu.
Kodiranje u nizovima kodiranja
cDNA knjižnica sadrži samo kodirajuće sekvence; ne sadrži introne.	Genomska biblioteka sastoji se od čitave genomske DNK, uključujući nekodirajuću (intronsku i regulatornu) DNK.
Veličina
cDNA knjižnica je mala.	Genomska knjižnica je velika.
Polazni materijal
Polazni materijal je mRNA	Polazni materijal je DNA.
Uključenost reverzne transkripcije.
Obrnuta transkripcija događa se u prvoj sintezi cDNA lanca.	Obrnuta transkripcija se ne događa.

Sažetak - cDNA i Genomic Library

Genomska biblioteka predstavlja populaciju klonova koji imaju fragmentiranu ukupnu genomsku DNK u organizmu. cDNA knjižnica predstavlja populaciju klonova koji sadrže komplementarnu DNK ukupne mRNA organizma. Klon cDNA sadrži samo sekvence koje se nalaze u mRNA dok genomski klon sadrži sekvence čitavog genoma. Ovo je razlika između cDNA i genomske biblioteke.

Referenca:
1. Haneef, Deena T KochunniJazir. "Razlika između biblioteke Genomic i cDNA." Razlika između biblioteke Genomic i cDNA. N.p., n.d. Mreža. 15. veljače 2017
2. Stekel, Dov J., Yoav Git i Francesco Falciani. "Usporedba izraza gena iz više cDNA knjižnica." Istraživanje genoma. Cold Spring Harbor Laboratory Press, prosinac 2000. Web. 16. veljače 2017
3. "Zasloni genskih biblioteka za gene koji su uključeni u n-butanol toleranciju u Escherichia coli." Zasloni genomske biblioteke za gene koji su uključeni u toleranciju n-butanol u Escherichia coli. N.p., n.d. Mreža. 16. veljače 2017

Ljubaznošću slike:
1. "Formiranje cDNA knjižnice" dr. Sc. Dre na engleskom Wikipediji (CC BY-SA 3.0) putem Commons Wikimedia
2. "Izgradnja genomske biblioteke" Aluquette - Vlastiti rad (CC BY-SA 3.0) putem Commons Wikimedia