Razlika između RIBE i CGH

ključna razlika između RIBE i CGH je to FISH je molekularna tehnika koja detektira specifičnu sekvencu DNK na kromosomu pomoću fluorescentno obilježenih sondi, dok je CGH druga molekularna citogenetska tehnika koja otkriva promjene u genomskoj DNK.

Citogenetska analiza igra važnu ulogu u medicini pri otkrivanju kromosomskih abnormalnosti poput aneuploidija, brisanja, duplikacija i preuređenja itd. Hromosomske nepravilnosti na kraju dovode do genetskih bolesti poput raka, neplodnosti, Down sindroma, Klinefelterovog sindroma, Turnerovog sindroma, leukemije itd. . Postoje različite molekularne citogenetičke metode za otkrivanje gore spomenutih oštećenja i bolesti. Među njima su FISH (fluorescentna in situ hibridizacija) i CGH (komparativna genomska hibridizacija) dvije snažne tehnike hibridizacije. Međutim, obje metode imaju prednosti i nedostatke.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je RIBE 
3. Što je CGH
4. Sličnosti između FISH i CGH
5. Usporedna usporedba - RIBE vs CGH u tabličnom obliku
6. Sažetak

Što je RIBE?

FISH je tehnika hibridizacije nukleinske kiseline koja se izvodi na dijelu ili dijelu tkiva, u cijelom tkivu ili stanicama. To je metoda koja se temelji na sondi. Tehnika ovisi o teoriji komplementarnog spajanja baze Watson Crick-a, što rezultira ili DNK-DNK hibridima ili DNK-RNK hibridima koji mogu otkriti mutirane gene ili identificirati gene koji nas zanimaju. Nadalje, ova tehnika koristi jednolančane DNK sekvence, dvolančane DNA sekvence, jednolančane RNA sekvence ili sintetički oligonukleotid pripremljen koristeći nick prijevod kao sonde koje su komplementarne genskim sekvencama od interesa. Pored toga, najvažnija značajka ove tehnike je označavanje sondi fluorescentnim bojama. Tako se sonde vežu s komplementarnim dijelovima kromosoma i olakšavaju otkrivanje.

Štoviše, RIBE je vrlo osjetljiva i specifična metoda. Stoga je uobičajena tehnika istraživanja i dijagnosticiranja hematoloških malignih oboljenja i solidnih tumora. Ali, FISH pokazuje nisku razlučivost. Također zahtijeva prethodno poznavanje ciljane nenormalnosti kako bi se oblikovale sekvence sonde.

Slika 01: RIBE

Postoje mnoge primjene FISH-a, uglavnom u molekularnoj dijagnostici zaraznih bolesti radi utvrđivanja prisutnosti patogena i potvrđivanja patogena molekularnom dijagnostikom. Štoviše, FISH je uobičajena tehnika u područjima razvojne biologije, kariotipizacije i filogenetske analize i fizičkog mapiranja kromosoma.

Što je CGH?

Usporedna genomska hibridizacija (CGH) je druga molekularna citogenetska tehnika zasnovana na DNK koja može otkriti promjene sekvenci genomske DNK. Metoda je napredna metoda koja može analizirati kromosomske i genske modifikacije za otkrivanje promjena ili promjena u sekvenci genomske DNK. Nadalje, CGH zahtijeva izolaciju i fragmentaciju DNA iz eksperimentalnog uzorka i referentnog uzorka. Zatim bi uzorke trebalo obilježiti s dvije različite fluorescentne boje (obično crvenom i zelenom). Kasnije su oba uzorka pomiješana i dopuštena je natjecateljska hibridizacija. Posljednji korak je analiza uzoraka za promjene u DNK, kao što su umnožavanje gena, gubitak gena itd. Posebno, mjeri se razlika u broju kopije DNK između ispitnog uzorka i kontrolnog uzorka.

Slika 02: CGH

Još je jedna verzija CGH-a dostupna; to je naprednija metoda od uobičajene CGH. To je tehnika koja se naziva CGH bazirana na nizu ili aCGH. aCGH omogućuje preciznu identifikaciju brisanja gena ili sekvence u više tisuća sekvenci u jednom jedinom eksperimentu.

Koje su sličnosti između FISH i CGH?

• RIBE i CGH su dvije molekularne tehnike.
• I FISH i CGH oslanjaju se na hibridizaciju nukleinskih kiselina.
• Također, obje tehnike trebaju dizajnirane sonde za otkrivanje specifičnih ciljeva DNA.
• Koristimo ih za prenatalnu i postnatalnu dijagnozu genetskih bolesti.
• Nadalje, i FISH i CGH vrlo su moćan alat za proučavanje genskih promjena.
• Za označavanje sondi koriste fluorescentne boje.

Koja je razlika između RIBE i CGH?

RIBE je an in situ postupak hibridizacije koji koristi fluorescentne sonde za otkrivanje specifičnih nizova DNK, dok je CGH tehnika molekularne hibridizacije koja otkriva promjene sekvenci genomske DNK. Dakle, ovo je ključna razlika između RIBE i CGH.

Nadalje, FISH zahtijeva prethodno poznavanje ciljane abnormalnosti za oblikovanje sondiranih nizova, dok CGH ne zahtijeva prethodno znanje. Također, daljnja razlika između FISH i CGH je ta što FISH pokazuje ograničenu razlučivost dok aCGH pokazuje visoku razlučivost.

Niže infografika sažima razliku između RIBE i CGH-a.

Pregled - FISH vs CGH

FISH i CGH dvije su molekularne citogenetičke tehnike koje olakšavaju otkrivanje genskih sljedova koji su od interesa. FISH olakšava otkrivanje specifičnog niza DNK na kromosomu pomoću fluorescentno označenih sondi, dok CGH olakšava otkrivanje promjena u genomskoj DNK. Dakle, ovo je ključna razlika između RIBE i CGH.

Referenca:

1. „Fluorescencija u hibridizaciji sita (FISH)“ Vijesti iz prirode, Grupa za izdavanje Nature, dostupno ovdje.
2. Hester, Susan D i sur. "Usporedba tehnologija usporedne genomske hibridizacije na Microarray platformama." Časopis za biomolekularne tehnike: JBT, Udruženje postrojenja za biomolekularne resurse, travanj 2009., dostupno ovdje.

Ljubaznošću slike:

1. „Multiplex testRRNA RIBE u ćelijama Jurkat i HeLa“ napisao Ryan Jeffs - Vlastito djelo (CC BY-SA 3.0) preko Commons Wikimedia
2. "CGH shema" Mbaudis (razgovor) (upload) - vlastiti rad (CC BY 2.5) preko Commons Wikimedia