Razlika između genotipizacije i sekvenciranja

Ključna razlika - genotipizacija vs sekvencioniranje
 

Genotipizacija i sekvencioniranje dvije su tehnike koje se provode radi dobivanja podataka o nukleinskim kiselinama, uglavnom DNA organizma. Ključna razlika između genotipiziranja i sekvenciranja je u tome genotipizacija je postupak utvrđivanja koju genetsku varijantu pojedinac posjeduje pomoću markera, dok je sekvenciranje određivanje ispravnog redoslijeda nukleotidne sekvence unutar zadanog fragmenta DNK.

SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je genotipizacija
3. Što je sekvenciranje
4. Usporedna usporedba - Genotipizacija vs sekvencija
5. Sažetak

Što je genotipizacija?

Genotipizacija je određivanje genetske strukture pojedinca pomoću niza DNK i markera i usporedba i identifikacija njegovog nasljedstva. Genotipizacija je važna u evolucijskoj biologiji, populacijskoj biologiji, taksonomiji, ekologiji i genetici organizama. Može se izvesti različitim tehnikama, uključujući sekvenciranje DNK, lančanu reakciju polimeraze, polimorfizam dužine restrikcijskog fragmenta (RFLP), slučajno pojačano polimorfno otkrivanje, polimorfizam dužine fragmentiranog fragmenta (AFLP), DNK mikroračune, itd..

Genotipizacija uključuje slijed pojedinih malih fragmenata DNK sekvence i pronalaženje povezanosti genetskog sastava s drugim pojedincima pomoću genetskih markera. Određuje polimorfizme pojedinih nukleotida (SNP) među pojedincima ili specifičnim alelima. Genotipizacija je primjenjiva na širok spektar organizama, uključujući ljude. Primjenjivo je i na mikroorganizme poput virusa, gljivica itd. I pomoću referentnih profila može se odrediti njihove genetske inačice. U molekularnoj epidemiologiji i forenzičkoj mikrobiologiji kontrola patogena, posebno mikroorganizama, provodi se podacima dobivenim genotipizacijom. Genotipizacija je vrlo važna u pedigrejskoj analizi. Ljudi su genotipizirani kako bi potvrdili majčinstvo i očinstvo. Genotip će otkriti dominantne i recesivne alele gena koji određuju specifične osobine.

Slika_1: RFLP genotipizacija

Što je sekvenciranje?

Sekvenciranje je postupak utvrđivanja ispravnog redoslijeda nukleotida u određenom fragmentu DNA ili RNA. Gotovo sve informacije potrebne za rast i razvoj organizma kodirane su u njegovom genomu. Dostupnost tehnika za proizvodnju i razdvajanje nekoliko stotina nukleotida dugih fragmenata nukleinskih kiselina dovelo je do razvoja postupaka za određivanje točnog nukleotidnog slijeda određenog fragmenta DNA ili RNA. Danas su dostupne različite vrste slijeda. Ove metode sekvenciranja, zajedno s tehnologijama za izgradnju biblioteka gena koji predstavljaju cjelokupni genom organizma, olakšavaju sekvenciranje cjelokupnog genoma tog organizma, provodeći dubinsku analizu genskih struktura, funkcija gena, mjesta gena, ekspresije gena, kartiranje gena, regulacije gena itd.

Ukupni genomi mnogih virusa, nekoliko bakterija, arhebakterija, kvasca i nekoliko drugih organizama sekvencionirani su i mapirani. Projekt ljudskog genoma omogućio je sekvenciranje i preslikavanje čitavog ljudskog genoma i objavio njegov prvi nacrt 2003. To je velika prekretnica u napretku biologije. Sekvence ljudskog genoma danas se koriste u medicinskom sektoru za utvrđivanje genetskih uzroka rijetkih bolesti, rizik od zaslonskih bolesti u novorođenčadi, identificiranje genetskih detalja različitih vrsta karcinoma, razvoj novih terapija i razvoj novih dijagnostičkih alata itd..

U biljnom svijetu sekvencionirani su genom riže i genomi Arabidopsis. Poznavanje ovih nizova nesumnjivo će revolucionirati naše razumijevanje funkcioniranja stanica i organizama.

Slika_2: Autoradiograf sanger sekvence

Koja je razlika između genotipizacije i sekvenciranja?

Genotipizacija vs sekvencioniranje
Genotipizacija je postupak utvrđivanja genetskog sastava jedinke i provjere skupine ili taksonomije tog organizma.	Sekvenciranje je postupak određivanja preciznog poretka nukleotida određenog fragmenta DNA ili RNA.
Tehnike
RFLP, sekvenciranje gena, PCR, DNA mikroračuni, AFLP itd.	Sigurnije sekvenciranje, Gilbertovo sekvenciranje, Piroknjižavanje, Sljedeće generacije, Sljedovanje sa puškama itd.
Velika zabrinutost
Pri tome je više zabrinuto da li razlike u genotipu daju stvarne razlike u fenotipu.	Pri tome je više zabrinut redoslijed nukleotida i njegove razlike i promjene s drugim organizmima.

Sažetak - Genotipizacija vs sekvencioniranje

Genotipizacija i sekvencioniranje korisni su za proučavanje genetskih podataka organizama. Genotipizacija je postupak utvrđivanja varijacija genotipa među pojedincima i pronalaženje njihovih kategorija. Sekvenciranje je postupak određivanja ispravnog redoslijeda nukleotida u zainteresiranom fragmentu ili regiji DNA. Obje tehnike pružaju važne podatke o genima i genima.

Referenca:
1. "Metode genotipizacije." Metode u molekularnoj biologiji (Clifton, N. J.). Američka nacionalna medicinska knjižnica, n.d. Mreža. 20. veljače 2017.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin, i M. D. Shriver. „Analiza krivulje topljenja SNP-a (McSNP ): Pristup bez gela i jeftin pristup za SNP genotipizaciju.“ BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. mreža.

Ljubaznošću slike:
1. "RFLP genotipizacija" Autor (nepoznato) - Nacionalni zdravstveni zavodi (Public Domain) putem Commons Wikimedia
2. "Radioaktivni fluorescentni" Abizar na engleskoj Wikipediji (CC BY-SA 3.0) putem Commons Wikimedia