Razlika između metagenomije i metatranskriptomije

ključna razlika Između metagenomije i metatranskriptomike ovisi vrsta biomolekula proučavanih u svakom području. Metagenomics proučava DNK, njegove sekvence i ponašanje u organizmima, dok metatranscriptomics proučava prepisanu DNA, uglavnom sekvence mRNA i njegovo ponašanje u organizmima.

Metagenomika i metatranskriptomija su dva polja koja su tijekom godina stekla veliku popularnost u odnosu na mikrobnu zajednicu. Važni su u zdravstvenoj zaštiti, industriji i poljoprivrednoj biotehnologiji. I metagenomija i metatranskriptomi omogućuju proučavanje pojedinačnih organizama u zajednici i njihovih funkcionalnih uloga koje su korisne ili štetne.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je metagenomija 
3. Što je Metatranscriptomics
4. Sličnosti između Metagenomics i Metatranscriptomics
5. Usporedna usporedba - Metagenomija vs Metatranscriptomics u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što je metagenomija?

Metagenomika je polje studija koje istražuje deoksiribonukleinsku kiselinu (DNA). Najvažnija je za mikrobnu zajednicu. Također, to je naprednije polje u odnosu na genomiku. U genomici se odvija analiza DNA pojedinih organizama. Međutim, metagenomija uključuje analizu genetskog materijala u zajednici organizama. Dakle, ovo omogućava proučavanje ponašanja zajednice organizama koje se odnose na jedno stanje ili jedno okruženje.

Slika 01: Metagenomija

Glavna tehnika uključena u studije metagenomije je sekvencioniranje sljedeće generacije (NGS) koje koristi tehnologiju mikroračunanja. NGS metodama mogu se analizirati više organizama u jednoj reakciji na prisutnost ili odsutnost specifičnih DNK nizova. Ove sekvence DNA mogu biti odgovorne za pojedinačno stanje bolesti ili stanje okoliša. Dakle, koristeći se metagenomskim znanjem, probir organizama može se izvršiti lako i točno. Sekvenciranje tijekom NGS-a odvija se u kratkom čitanju, a provodi se profiliranje DNK organizama. Slijed DNK iz 16-ih godina popularan je niz koji se proučava u metagenomiji mikroorganizama.

Nakon sekvenciranja zajednice organizama, potrebno je izvršiti poravnanje sekvenci. Za izvršavanje zadatka usklađivanja koriste se alati kao što je osnovni alat za slijed lokalnog poravnanja (BLAST). Nakon usklađivanja, filogenetsko stablo pruža odnos svakog organizma u zajednici i detalje u vezi s njegovim ponašanjem.

Što je Metatranscriptomics?

Metatranscriptomics je polje proučavanja koje se bavi transkriptom organizma. Transkript čini cjelokupnu RNA sekvencu transkribiranu tijekom transkripcije DNA. Sekvence mRNA prisutne u transkriptu pružaju informacije o genetskoj ekspresiji. Metatranscriptomics je analiza više transkripta kroz populaciju ili zajednicu.

Slika 02: Transkriptna analiza

Studije metatranskriptomije koriste se i mikroarray tehnologijama za pronalaženje niza kratkih pročitanih sekvenci. Nadalje, metatranscriptomics također uključuje temeljitu analizu bioinformatike pomoću alata za poravnanje i metoda dizajniranja stabala. Međutim, polje metatranskriptomike mnogo je teže u usporedbi s metagenomikom. Ekstrakcija mRNA ili RNA u cjelini nije tako jednostavna kao što se čini. Budući da je RNA vrlo sklona uništavanju i ima vrlo kratko vrijeme života, održavanje i pohranjivanje mogu biti mogući upit.

Koje su sličnosti između Metagenomics i Metatranscriptomics?

• Metagenomika i metatranskriptomi su visoke protočne tehnike za analizu zajednica organizama, uglavnom mikrobnih zajednica.
• Obje se tehnike koriste mikroračunskom tehnologijom da bi se zaključili nalazi.
• Dobiveni rezultati često se analiziraju pomoću BLAST poravnanja i filogenetskih stabala.
• Osim toga, obje tehnike nisu usredotočene na jedan organizam, već na skupinu ili zajednicu.
• Osim toga, oba se koncepta proučavaju uglavnom u odnosu na mikrobe - a glavni razlog su njihove različite uloge.

Koja je razlika između metagenomije i metatranskriptomije?

Metagenomija i Metatranskriptomi uključuju analizu genetske materije u zajednici organizama. Dakle, metagenomika se odnosi na obrasce i sekvence DNA dok se metatranskriptomi odnose na analizu mRNA ili prepisane DNA. Dakle, to je ključna razlika između metagenomije i metatranskriptomike.

Nadalje, postupak ekstrakcije razlikuje se u obje tehnike; metagenomija uključuje postupke ekstrakcije DNK, a metatranskriptomi uključuju postupke ekstrakcije RNA. Dakle, ovo je i značajna razlika između metagenomije i metatranskriptomike.

Podaci u nastavku rezimiraju razliku između metagenomije i metatranskriptomike:

Sažetak - Metagenomics vs Metatranscriptomics

Metagenomija i metatranskriptomija nova su područja proučavanja koja analiziraju zajednicu organizama za određeno stanje. Dakle, metagenomija se odnosi na analizu DNK sljedova. Suprotno tome, metatranskriptomija se odnosi na analizu RNA sekvenci ili prepisanih DNK proizvoda. U tom pogledu, metatranskriptomičnost omogućava identifikaciju ekspresije gena za određeni slučaj. Obje su važne u analizi mutacija i njihovih učinaka. To su brze i pouzdanije tehnike koje se koriste u prethodnoj dijagnozi. Dakle, ovo je sažetak razlike između metagenomije i metatranskriptomije.

Referenca:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa i sur. "Metagenomika, metatranskriptomija i metabolomika pristupa za analizu mikrobioma." Evolucijska bioinformatika online, LibertasAcademica, 12. svibnja 2016., dostupno ovdje.

Ljubaznošću slike:

1. "pcbi.1002808.g001" Filološkim podacima (CC BY 2.0) putem Flickr-a
2. "Transkriptorna figura 3", Danny556 (razgovor) - samostalno izrađen (C BY-SA 3.0) putem Flickr-a