Razlika između Nick prijevoda i nastavka primera

Ključna razlika - Nick prijevod vs produžetak primera
 

Prijevod Nicka i produženje primera dvije su važne tehnike izvedene u molekularnoj biologiji. Ključna razlika između nick prijevoda i nastavka primera je u tome Nik proces prevođenja proizvodi obilježene sonde za druge tehnike hibridizacije dok metoda ekstenzije prajmera identificira specifičnu RNA sekvencu iz smjese i otkriva informacije o ekspresiji mRNA. Obje tehnike imaju veliku važnost i rutinski se izvode u laboratorijima za molekularna istraživanja.

SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je Nick prijevod
3. Što je primer produženja
4. Usporedna usporedba - Nick Translation vs Primer Extension
5. Sažetak

Što je Nick Translation?

Nick prijevod važna je tehnika koja se koristi za pripremu obilježenih sondi za razne molekularne biološke tehnike poput blottinga, in situ hibridizacija, fluorescentna in situ hibridizacija itd. To je an in vitro metoda označavanja DNA. DNA sonde koriste se za identificiranje specifičnih sekvencija DNA ili RNA. Uz pomoć obilježene sonde, specifični fragmenti mogu se označiti ili vizualizirati iz složene mješavine nukleinske kiseline. Stoga se označene sonde pripremaju različitim tehnikama koje se koriste za različite tehnike. Nick prijevod je jedna takva metoda koja proizvodi obilježene sonde uz pomoć enzima DNase 1 i DNA polimeraze 1.

Proces prevođenja nicka započinje s aktivnošću enzima DNase 1. DNase 1 uvodi kvržice u fosfatnu kralježnicu dvolančane DNK cijepanjem fosfodiesterskih veza između nukleotida. Jednom kada se stvori nadimak, slobodna će biti 3 'OH grupa nukleotida i na njega će djelovati enzim DNA polimeraza 1. 5 'do 3' aktivnost eksonukleaze DNA polimeraze 1 uklanja nukleotide iz nika prema 3 'smjeru DNA lanca. Istovremeno, polimerazna aktivnost enzima DNA polimeraza 1 djeluje i dodaje nukleotide kako bi zamijenila uklonjene nukleotide. Ako su nukleotidi označeni, zamjena će se dogoditi označenim nukleotidima i ona će označiti DNK za identifikaciju. Ova novo sintetizirana označena DNA može se koristiti kao sonde u različitim reakcijama hibridizacije u Molekularnoj biologiji.

Slika 01: Nick postupak prevođenja

Što je nastavak primera?

Proširenje primera je tehnika koja se koristi za pronalaženje specifične RNA sekvence iz smjese RNA i pronalaženje 5 'kraja mRNA transkripta. Također se koristi za proučavanje strukture RNA i ekspresije. Metoda produženja primera provodi se s obilježenim primerima ili s obilježenim nukleotidima. Ako se koriste obilježeni primeri, to isključuje potrebu označavanja nukleotida koji se koriste za sintezu cDNA. Postoji nekoliko koraka u ovoj tehnici. Započinje ekstrakcijom RNA iz uzorka. Zatim se obilježeni oligonukleotidni prajmer dodaje smjesi zajedno s potrebnim sastojcima za sintezu cDNA specifične RNA sekvence. Primer se ispere s komplementarnim nizom iz smjese. Koristeći sekvencu ojačenu prajmerom kao predložak, enzimska reverzna transkriptaza sintetizira komplementarnu DNA (cDNA) RNA sekvence. Primjer žarenja i reverzna transkripcija događaju se samo kada je u uzorku prisutna specifična RNA sekvenca. Konačno, kad se provede denaturacija gel elektroforeza, može se odrediti veličina RNA sekvence. Lako je također pronaći +1 bazu slijeda mRNA (mjesto inicijacije transkripcije) postupkom nastavka primera. Količina mRNA prisutna u uzorku može se kvantificirati ovom metodom ako se koristi višak prajmera.

Slika 02: Ekstenzija primera

Koja je razlika između Nick prijevoda i dodataka za proširenje?

Nick Translation vs Primer Extension
Nick prijevod je postupak koji stvara obilježene DNA sonde za različite reakcije hibridizacije.	Ekstenzija primera je tehnika koja se koristi za pronalaženje specifične RNA ili za ispitivanje ekspresije gena.
Korišteni enzimi
Koriste se enzimi DNaza 1 i DNA polimeraza.	Koristi se enzim za reverznu transkriptazu.
Važnost
Nick prijevod olakšava obilježavanje specifičnog niza DNK.	Ekstenzija primera omogućava otkrivanje specifične veličine mRNA sekvence i količine prisutne u uzorku.

Sažetak - Nick Translation vs Primer Extension

Nick prijevod je metoda koja se koristi za sintezu označenih sondi temeljenih na aktivnostima DNase 1 i E coli Enzimi DNA polimeraza 1. To je in vitro metoda korištena u laboratorijima prije različitih tehnika hibridizacije. Tijekom translacije nadimaka, 5'-3 'egzonuklezalna aktivnost DNA polimeraze 1 uklanja nukleotide ispred nick-a, a polimerazna aktivnost DNA polimeraze 1 zamjenjuje uklonjene nukleotide s označenim nukleotidima iza Nicka. Ekstenzija primera je metoda koja se koristi za otkrivanje specifičnog RNK transkripta iz smjese i kvantificira veličinu i količinu RNA. To je razlika između nick prijevoda i primera produženja.

Reference
1. Reid, Alex. "Nickov prijevod." Springer. N.p., n.d. Mreža. 18. travnja 2017
2. "Produžni nastavak." Nacionalna dijagnostika. N.p., n.d. Mreža. 19. travnja 2017
3. Kuo, M. T. i W. Plunkett. "Nick-prijevod metafaznih kromosoma: in vitro označavanje nuklearno preosjetljivih regija u kromosomima." Zbornik radova Nacionalne akademije znanosti Sjedinjenih Američkih Država. Američka nacionalna medicinska knjižnica, veljača 1985. Web. 19. travnja 2017
4. Raymond i sur. „Jednostavan, kvantitativan PCR test za proširivanje primjera radi izravnog praćenja mikroRNA i RNA s kratkim interfejsom.“ RNK. Autorsko pravo 2005 od strane RNA Society, studeni 2005. Web. 19. travnja 2017

Ljubaznošću slike:
1. "Primer produženja primera" napisao Jjnmmnjj - Vlastiti rad (CC BY-SA 3.0) preko Commons Wikimedia