Razlika između sjevernog južnog i zapadnog pjeskarenja

Ključna razlika - sjeverni i južni prema zapadnom blotu
 

Otkrivanje specifičnih sekvenci DNA, RNA i proteina bitno je za različite vrste studija u molekularnoj biologiji. Gel elektroforeza je tehnika koja odvaja DNK, RNK i proteine ​​prema njihovoj veličini. Iz profila gela, posebna DNA sekvenca, RNA sekvenca ili protein se otkrivaju posebnim tehnikama koje se nazivaju blotting i hibridizacija s obilježenim sondama. Postoje tri različite vrste mrlja i to: južna, sjeverna i zapadna. Ključna razlika između sjevernog južnog i zapadnog mrlja leži u vrsti molekule koju detektira iz uzorka. Southern blotting je metoda kojom se od DNK uzorka otkriva specifična sekvenca DNA. Northern blotting je tehnika koja detektira specifičnu RNA sekvencu iz RNA uzorka. Western blotting je metoda koja detektira određeni protein iz uzorka proteina.

SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je južni bloting
3. Što je sjeverni bloting
4. Što je Western bloting
5. Usporedna usporedba - sjeverni i južni prema zapadnom blotu
6. Sažetak

Što je južni bloting?

Tehniku ​​jutarnjeg razmazivanja razvio je E. M. Southern 1975. za identifikaciju specifične sekvence DNA iz DNK uzorka. Ovo je prva tehnika razmazivanja koja je uvedena u molekularnu biologiju. Omogućila je detekciju specifičnih gena iz DNK-a, specifičnih fragmenata iz DNA itd. U tehnici južnog razmazivanja uključeno je nekoliko koraka. Oni su kako slijedi.

1. DNA se izolira iz uzorka i probavlja s restrikcijskim endonukleazama.
2. Digestirani uzorak odvaja se elektroforezom gela Agarose.
3. Fragmenti DNK u gelu denaturiraju se u pojedinačne niti upotrebom alkalne otopine.
4. Jednolančana DNA se kapilarnim prijenosom prenosi u membranu filtra nitroceluloze.
5. Prenesena DNA trajno se fiksira na membranu.
6. Fiksna DNA na membrani hibridizira se s označenim sondama.
7. Nevezan DNK ispere se iz membrane.
8. Rendgenski film je izložen membrani i priprema se autoradiograf.

Južni blot se primjenjuje za različite aspekte molekularne biologije. Korisna je u RFLP mapiranju, forenzičkim studijama, metilaciji DNK u ekspresiji gena, otkrivanju mutiranih gena u genetskim poremećajima, otisku prsta DNK, itd..

Slika 01: Tehnika južnog pjeskarenja

Što je sjeverni bloting?

Northern blotting je metoda namijenjena otkrivanju specifične RNA sekvence ili mRNA sekvence iz uzorka za proučavanje ekspresije gena. Ovu su tehniku ​​razvili Alwine, Kemp i Stark 1979. Razlikuje se od tehnike jutarnjeg i zapadnog ispiranja zbog nekoliko koraka. Međutim, ova se tehnika izvodi i gel elektroforezom, blotiranjem i hibridizacijom sa specifičnim obilježenim sondama i detekcijom. Tehnika sjevernog brisanja izvodi se na sljedeći način.

1. RNA se ekstrahira iz uzorka i odvoji gel-elektroforezom.
2. RNA se prenosi iz gela na blotting membranu i fiksira.
3. Membrana se obrađuje obilježenom sondom pripremljenom od cDNA ili RNA (sonda je komplementarna specifičnom nizu u uzorku).
4. Sonda se inkubira s membranom da se veže specifičnim redoslijedom.
5. Nevezane sonde se isperu.
6. Hibridizirani fragmenti detektiraju se autoradiografom.

Sjeverno mrlje važan je alat u otkrivanju i kvantificiranju hibridizirane mRNA, proučavanju degradacije RNA, procjeni poluraspada RNA, detekciji spajanja RNA, proučavanju ekspresije gena itd..

Slika 02: Sjeverni bloting

Što je Western Blotting?

Western blotting je metoda otkrivanja određenog proteina iz proteinske mješavine primjenom obilježenih antitijela. Stoga je i zapadna mrlja poznata i kao an imunoblot. Ovu je tehniku ​​uveo Towbin i sur 1979. godine i sada se rutinski izvodi u laboratorijima za analizu proteina. Koraci su sljedeći.

1. Proteini se ekstrahiraju iz uzorka
2. Proteini se odvajaju po veličini pomoću elektroforeze poliakrilamidnog gela
3. Odvojene molekule elektroporacijom se prenose u PVDF membranu ili nitroceluloznu membranu
4. Membrana je blokirana zbog nespecifičnog vezanja s antitijelima
5. Preneseni proteini vežu se s primarnim antitijelima (antitijela obilježena enzimom).
6. Membrana se ispere radi uklanjanja nespecifično vezanih primarnih antitijela
7. Vezana antitijela detektiraju se dodavanjem supstrata i otkrivanjem obojenog precipitata

Western blot je koristan za otkrivanje anti-HIV antitijela u uzorku ljudskog seruma. Western blot se može koristiti i kao potvrdni test za infekciju hepatitisom B i kao konačni test za bijesnu bolest krava.

Slika 03: Western bloting

Koja je razlika između sjevernog južnog i zapadnog pjeskarenja?

Sjeverni vs Južni vs Zapadni Blotting
Vrsta detektirane molekule
Sjeverni bloting	Northern blotting otkriva specifičnu RNA sekvencu iz RNA uzorka.
Južni bloting	Southern blotting otkriva specifičnu sekvencu DNA iz DNK uzorka.
Western Blotting	Western blotting otkriva specifični protein iz uzorka proteina.
Vrsta gela
Sjeverni bloting	Za to se koristi gel agaroze / formaldehida.
Južni bloting	Za to se koristi Agarose gel.
Western Blotting	Za to se koristi poliakrilamidni gel.
Metoda brisanja
Sjeverni bloting	Ovo je kapilarni prijenos.
Južni bloting	Ovo je kapilarni prijenos.
Western Blotting	Ovo je električni prijenos.
Korištene sonde
Sjeverni bloting	cDNA ili RNA sonde označene radioaktivno ili neradioaktivno.
Južni bloting	DNA sonde označene su radioaktivno ili neradioaktivno.
Western Blotting	Primarna antitijela koriste se kao sonde.
Sustav detekcije
Sjeverni bloting	To se postiže autoradiografom ili otkrivanjem promjene svjetla ili boje.
Južni bloting	To se radi pomoću autoradiografa, otkrivanja svjetlosti ili promjene boje.
Western Blotting	To se postiže otkrivanjem promjene svjetla ili boje.

Pregled - Sjeverni i Južni vs Zapadni Blotting

Mljevenje je specijalna tehnika razvijena za identifikaciju specifične DNK, RNA ili proteina iz uzoraka. Postoje tri odvojena postupka mrljanja, naime sjeverna, južna i zapadna kako bi se detektirala određena vrsta molekule. Tehnika sjevernog mrlja dizajnirana je tako da otkrije određeni niz RNA iz smjese RNA. Southern blotting tehnika omogućava otkrivanje specifične sekvence DNA iz uzorka DNA, a Western blotting tehnika razvijena je za identificiranje specifičnog proteina iz proteinske mješavine.

Reference
1. Gibbons, Janay. "Western Blot: Pregled prijenosa proteina." Sjevernoamerički časopis medicinskih znanosti. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, ožujak 2014. Web. 27. ožujka 2017
2. Brown, T. „Southern blotting.” Trenutačni protokoli u imunologiji. Američka nacionalna medicinska knjižnica, svibanj 2001. Web. 27. ožujka 2017
3. On, Shan L. "Sjeverna mrlja." Metode u enzimologiji. Američka nacionalna medicinska knjižnica, 2013. Web. 27. ožujka 2017

Ljubaznošću slike:
1. "Sjeverni blok shema" RNA405 - Vlastito djelo (Public Domain) putem Commons Wikimedia
2. "Western blot 114A" napisao Amanthabagdon - Vlastiti rad (Public Domain) putem Commons Wikimedia