Razlika između QTL i GWAS

ključna razlika između QTL i GWAS se oslanja na vrstu nastavka koji se koriste u analizi. QTL koristi gene lokacije za analizu fenotipskih osobina povezanih s poligenim nasljeđivanjem, dok GWAS koristi čitave sekvence genoma za analizu pojedinačnih nukleotidnih polimorfizama određenog stanja.

QTL mape i GWAS igraju važnu ulogu u genetskim analizama za različite osobine. Nadalje, važni su u analizi različitih stanja bolesti s nepoznatom etiologijom. Pored toga, sekvenciranje igra ključnu ulogu u obje tehnike. Te se tehnike mogu nadalje spojiti s drugim tehnikama visoke propusnosti radi veće preciznosti i preciznosti.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je QTL 
3. Što je GWAS
4. Sličnosti između QTL-a i GWAS-a
5. Usporedna usporedba - QTL i GWAS u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što je QTL?

QTL je kratica Kvantitativni lokus svojstva. To je područje DNK povezano s fenotipskom osobinom. Općenito, QTL dovodi do poligenih učinaka. Raspodjela QTL-ova varira, a broj QTL-ova sugerira stupanj varijacije određene fenotipske osobine. Nadalje, oni obično kodiraju osnovne temeljne osobine, a ne diskretne osobine.

Nakon identifikacije QTL regija, važno je slijediti određeno QTL područje. Nadalje, da bi se olakšalo istraživanje i istraživanje, odvijanje sekvence i pohranjivanje podataka o sekvenci iz zajedničkih QTL regija uz sudjelovanje bioinformatike. Mi nazivamo ovu tehniku ​​QTL mapiranje. Nakon toga, baza podataka izgrađuje s QTL sekvence regije.

Slika 01: QTL skeniranje

Nadalje, primjena QTL sekvenci uglavnom se oslanja na BLAST alat, gdje se može odrediti sličnost sekvenci. Važno je u određivanju odnosa između organizama. Nadalje, važno je u određivanju složenosti određenog poligenog fenotipa. Također određuje evoluciju određene osobine.

Trenutno se QTL analiza kombinira s drugim tehnikama visoke propusnosti poput DNK mikroraloma. To je važno u ekspresijskoj analizi fenotipa. Trenutno su znanstvenici mnogo zainteresirani za razvoj QTL baze podataka jer su QTL regije odgovorne za mnoge važne osobine različitih vrsta.

Što je GWAS?

GWAS je kratica Studija udruživanja genoma širokog oblika. Također se odnosi na čitave studije udruživanja genoma. Ove studije usredotočene su uglavnom na opservacijske studije. Analizira genetske inačice različitih jedinki koje su obično povezane s određenom osobinom. Štoviše, za GWAS analizu važan je cijeli genom.

Slika 02: GWAS

GWAS je važno sredstvo u analizi polimorfizama pojedinačnih nukleotida povezanih s različitim bolestima. Ovo je također komparativna studija različitih polimorfizama s jednim nukleotidom kod široke populacije. Pored toga, uzorak studije GWAS vrlo je visok; stoga uzima i oblik kohortne studije poprečnog presjeka.

Nadalje, prva studija GWAS održana je u vezi s infarktom miokarda i analizom gena povezanih s infarktom miokarda. Trenutno GWAS igra važnu ulogu u određivanju genetske pozadine složenih bolesti s nepoznatom etiologijom.

Koje su sličnosti između QTL-a i GWAS-a?

• Za analizu se oslanjaju na podatke o DNK sekvenci.
• Obje su povezane s genetskom pozadinom različitih znakova.
• Nadalje, zahtijevaju bioinformatičke alate za utvrđivanje i tumačenje rezultata.
• Provode se na velikoj populaciji.

Koja je razlika između QTL-a i GWAS-a?

QTL analizira fenotipske osobine povezane s poligenim nasljeđivanjem pomoću povezanih genskih lokusa, dok GWAS analizira polimorfizme pojedinih nukleotida određenog stanja koristeći čitave sekvence genoma. Dakle, ovo je ključna razlika između QTL-a i GWAS-a. QTL preslikavanje je usporedno manje složena tehnika od GWAS-a jer zahtijeva cjelovito sekvenciranje genoma.

Podaci u nastavku rezimiraju razliku između QTL-a i GWAS-a u tabelarnom obliku.

Sažetak - QTL vs GWAS

QTL preslikavanje i GWAS igraju glavnu ulogu u određivanju genetske pozadine različitih fenotipskih osobina. Oni također pomažu u analizi genetske pozadine različitih bolesti. QTL mapiranje preslikava gene koji su odgovorni za kontinuirane osobine, a također uključuje preslikavanje gena za genetičko nasljeđivanje. GWAS se, s druge strane, odvija s čitavim genomima za analizu polimorfizama s jednim nukleotidom. Osim toga, ovo se događa kod veće populacije. Dakle, ovo je sažetak razlike između QTL-a i GWAS-a.

Referenca:

1. Liu, Ruixian i sur. "GWAS analiza i QTL identifikacija osobina kvalitete vlakana i prinosnih komponenti u pamučnom pamuku pomoću obogaćenih SNP markera visoke gustoće." Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13. rujna 2018., dostupno ovdje.
2. “GWAS vs. Qtl mapiranje? " Najnoviji postovi, dostupni ovdje.

Ljubaznošću slike:

1. „Primjer QTL-skeniranja na čitavom genomu iz PLoS biologije“ - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Povezanost osteoporoze s kromosomom 20p12 i udruživanje s BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) putem Commons Wikimedia
2. „Učinci alela GWAS bolesti“ Bush WS i Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Poglavlje 11: Studije udruživanja genoma. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) putem Commons Wikimedia