Razlika između RAPD i RFLP

Ključna razlika - RAPD u odnosu na RFLP
 

U molekularnoj biologiji koriste se genetski markeri za prepoznavanje genetskih varijacija između jedinki i vrsta. Nasumična amplificirana polimorfna DNA (RAPD) i Polimorfizam duljine fragmenta restrikcije (RFLP) su dva važna molekularna markera koja se rutinski koriste u laboratorijima. RAPD se izvodi s kratkim i proizvoljnim oligonukleotidnim prajmerima, a temelji se na slučajnom amplifikaciji višestrukih lokacija u šabloni DNA organizma. RFLP se izvodi sa specifičnom restrikcijskom endonukleazom, a temelji se na polimorfizmu rezultirajućih restrikcijskih fragmenata i hibridizaciji. Ključna razlika između RAPL i RFLP je u tome RAPD je vrsta PCR tehnike koja se izvodi bez prethodnog znanja o slijedu dok RFLP nije uključen u PCR i zahtijeva prethodno poznavanje sekvence da bi se provela tehnika.

SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je RAPD
3. Što je RFLP
4. Usporedna usporedba - RAPD u odnosu na RFLP
5. Sažetak

Što je RAPD?

RAPD je koristan molekularni marker u molekularnoj biologiji. To je brza i jednostavna tehnika. RAPD se može definirati kao metoda koja rezultira u polimorfnim DNK sekvencama kao rezultat slučajnog pojačanja višestrukih lokacija predloška ciljne DNK. RAPD koristi kratke oligonukleotidne primere s proizvoljnim sekvencama za PCR amplifikaciju. Primeri se umjetno sintetiziraju bez prethodnog znanja o slijedu. Stoga se smatra lakom i korisnom tehnikom.

Sljedeći su glavni koraci uključeni u RAPD.

1. Ekstrakcija ciljane DNA
2. Amplifikacija više mjesta ciljane DNA pomoću nasumično odabranih primera
3. Gelna elektroforeza pojačanih PCR proizvoda
4. Bojenje s etidijevim bromidom i identifikacija polimorfizma

Kao rezultat promjene u primjeni odlijevanja, tijekom pojačanja nastaju različiti fragmenti različitih duljina. Stoga su uzorci vezivanja gelova različiti kod pojedinaca i vrsta. Dakle, RAPD omogućava otkrivanje genetske varijacije među organizmima u identifikaciji i diferencijaciji.

RAPD se primjenjuje u raznim studijama molekularne biologije, kao što su identifikacija genetske razlike između usko povezanih vrsta, mapiranje gena, otisak DNK, identifikacija naslijeđenih bolesti itd..

Slika 01: RAPD

Što je RFLP?

Polimorfizmi dužine restriktivnog fragmenta (RFLP) molekularni je marker koji se koristi u molekularnoj biologiji za identifikaciju genetske varijacije u homolognim DNK sekvencama. To je prvi genetski marker razvijen za otisak DNK. Svi organizmi proizvode jedinstvene DNK profile kada su ograničeni specifičnim restrikcijskim enzimima. RFLP služi kao važno sredstvo u proizvodnji jedinstvenih DNK profila pojedinaca i otkrivanju genetske varijacije među njima. Kada se uzorci DNK digestiraju s posebnim restrikcijskim endonukleazama, oni daju različite DNK profile koji su jedinstveni za svakog pojedinca. Stoga je glavni postupak ove metode otkrivanje genetske varijacije među organizmima ograničavanjem homologne DNA specifičnim restrikcijskim enzimima i analiza polimorfizma duljine fragmenta pomoću gel elektroforeze i blotiranja. Obrasci mrlje jedinstveni su za svaki organizam i karakteriziraju specifične genotipove.

Sljedeći su koraci uključeni u RFLP.

1. Izolacija dovoljne količine DNA iz uzoraka
2. Fragmentacija DNK uzoraka s određenom restrikcijskom endonuklijom dolazi u kratak slijed
3. Odvajanje dobivenih fragmenata različite duljine elektroforezom gela u agarozi.
4. Prenošenje geliranog profila u membranu sa južnjačkim upijanjem
5. Hibridizacija membrane s obilježenim sondama i analiza polimorfizma duljine fragmenta u svakom profilu

RFLP ima razne aplikacije kao što su dijagnoza nasljednih bolesti, mapiranje genoma, kriminalistička identifikacija u forenzičkim studijama, testiranje očinstva itd..

Slika 02: RFLP genotipizacija

Koja je razlika između RAPD i RFLP-a?

RAPD vs RFLP
RAPD je molekularni marker zasnovan na slučajnim početnicima i PCR-u.	RFLP je molekularni marker zasnovan na proizvodnji fragmenata restrikcije različite dužine.
Potreban uzorak
Mali uzorci DNK dovoljni su za RAPD analizu.	Za RFLP analizu potrebna je velika količina izvađenog DNK uzorka.
Vrijeme
RAPD je brz proces.	RFLP je dugotrajan proces.
Primjena primera
Upotrebljavaju se nasumični prajmeri, a isti se primeri mogu koristiti za različite vrste.	Sonde specifične za vrstu koriste se u RFLP-u za hibridizaciju.
Pouzdanost
Pouzdanost tehnike je manja u usporedbi s RFLP-om.	RFLP je pouzdana tehnika.
Upijajući
RAPD uključuje južnu mrlju.	Južno mrlje je jedan korak RFLP-a.
Otkrivanje varijacija alela
Aleličke varijacije ne mogu otkriti RAPD.	Varijacije alela mogu se otkriti RFLP-om.
Potreba za znanjem u slijedu
RAPD ne zahtijeva prethodno poznavanje sekvence.	Za projektiranje sonde potrebno je znanje prethodnoga niza.
PCR
PCR je uključen u RAPD	PCR nije uključen u RFLP.
obnovljivost
RAPD ima nisku obnovljivost	RFLP ima visoku obnovljivost u odnosu na RAPD.

Sažetak - RAPD u odnosu na RFLP

RAPD i RFLP važni su markeri koji se koriste u molekularnoj biologiji. Obje su metode sposobne otkriti genetsku varijaciju među organizmima. RAPD se izvodi pomoću slučajnih primera. RFLP se provodi pomoću specifičnih restrikcijskih enzima. Obje metode proizvode DNK profile jedinstvene za pojedine organizme. RAPD je uključen usporedno nekoliko koraka nego RFLP. Ali daje manje pouzdane i ponovljive rezultate od RFLP-a. To je glavna razlika između RAPD i RFLP.

Reference:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang i M. K. Slocum. "Usporedba genetskih markera RAPD i RFLP u određivanju genetske sličnosti među genotipima Brassica oleracea L." OZNAČITI. Teorijska i primijenjena genetika. Teoretische und angewandte Genetik. Američka nacionalna medicinska knjižnica, ožujak 1994. Web. 12. travnja 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey i Antoni Rafalski. "Usporedba RFLP-a, RAPD-a, AFLP-a

Ljubaznošću slike:
1. "RFLP genotipizacija" Autor (nepoznato) - Nacionalni zdravstveni zavodi (Public Domain) putem Commons Wikimedia