Razlika između sličnosti i identiteta u poravnanju slijeda

ključna razlika između sličnosti i identiteta u usklađivanju slijeda je to sličnost je sličnost (sličnost) između dvije sekvence u usporedbi dok je identitet broj znakova koji se točno podudaraju između dvije različite sekvence.

Bioinformatika je interdisciplinarno područje znanosti koje uglavnom uključuje molekularnu biologiju i genetiku, informatiku, matematiku i statistiku. Usklađivanje slijeda glavni je pojam u bioinformatici. To je postupak u kojem su sekvence DNA, RNA ili proteina raspoređene tako da identificiraju područja sličnosti koja su posljedica funkcionalnog, strukturalnog ili evolucijskog odnosa između sekvenci. Na kraju poravnanja oni će biti prikazani kao redovi unutar matrice. Kako bi se identični znakovi poredili u slijedećim kolorima, između ostataka nalaze se umetnute praznine.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je sličnost u poravnanju slijeda
3. Što je identitet u poravnanju slijeda
4. Sličnosti između sličnosti i identiteta u poravnanju slijeda
5. Usporedna usporedba - Sličnost prema identitetu u poravnavanju slijeda u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što je sličnost?

Sličnost u poravnavanju niza je sličnost dviju sekvenci u usporedbi. Ova činjenica ovisi o identitetu niza. Sličnost prikazuje stupanj usklađenosti ostataka. Dakle, slične sekvence sadrže slična svojstva. U bioinformatici sličnost je alat za procjenu sličnosti dvaju proteina.

Slika 01: Sličnost u poravnanju slijeda

Postoje dva glavna koraka za postupak poravnanja niza. Početni korak je poravnavanje u paru, što pomaže u pronalaženju optimalnog poravnanja između dvije sekvence (uključujući praznine) koristeći algoritme kao što su BLAST, FastA i LALIGN. Algoritam podudaranja pronalazi minimalni broj operacija uređivanja; in-dels i supstitucije kako bi se jedna sekvenca uskladila s drugom sekvencom. Nakon poravnanja u parovima, potrebno je dobiti dva kvantitativna parametra iz svake usporedbe na pari. Oni su identitet i sličnost.

Što je identitet?

Identitet u poravnavanju niza je broj znakova koji se točno podudaraju između dvije različite sekvence. Dakle, razlike se ne uzimaju u obzir pri procjeni identiteta. Smatra se da se mjerenje odnosi na kraći niz između dviju sekvencija. Značajno implicira da ima učinak tamo gdje identitet niza nije prolazan. Ako je X = Y i Y = Z, tada X nije nužno jednak Z. To se izvodi u smislu mjere udaljenosti identiteta.

Slika 02: Identitet u poravnanju slijeda

Na primjer, X ima sekvencu AAGGCTT, Y ima slijed AAGGC i Z ima slijed AAGGCAT. Identitet između X i Y je 100% 5 identičnih nukleotida / min [dužina (X), dužina (Y)]. Identitet između Y i Z je također 100%. Ali identitet između X i Z je samo 85% (6 identičnih nukleotida / 7).

Koje su sličnosti između sličnosti i identiteta u poravnanju slijeda?

• I sličnost i identitet dva su izraza koja koristimo u poravnavanju niza.
• Također se pozivaju na sličnost dvaju nastavka.
• Štoviše, izražavamo ih kao postotnu vrijednost.

Koja je razlika između sličnosti i identiteta u poravnanju slijeda?

Sličnost u poravnavanju govori o sličnosti dvaju nastavka u usporedbi dok identitet u poravnavanju niza govori o broju znakova koji se točno podudaraju između dvije različite sekvence. Stoga je ovo ključna razlika između sličnosti i identiteta u poravnanju niza.

Sažetak - Sličnost prema identitetu u poravnanju slijeda

Usklađivanje slijeda pomaže identificirati regije slične u DNA, RNA ili proteinu koje su nastale zbog funkcionalnog, strukturnog ili evolucijskog odnosa između sekvenci. Dakle, sličnost i identitet dva su ključna termina u kontekstu usklađivanja slijeda. Ključna razlika između ova dva pojma je ta što je sličnost dvaju niza u usporedbi dok je identitet broj znakova koji se točno podudaraju između dva različita niza. Dakle, ovo je sažetak razlike između sličnosti i identiteta u poravnanju niza.

Referenca:

1. "Identitet i sličnost - kvantitativna mjera." Identitet i sličnost - kvantitativna mjera, dostupna ovdje.
2. "Usklađivanje slijeda." Usklađivanje slijeda - Bioinformatics.Org Wiki, dostupno ovdje.

Ljubaznošću slike:

1. Kolokar Pandurang - Vlastiti rad (CC BY 3.0) putem Commons Wikimedia, „Filozofija koja se temelji na usklađivanju i usklađivanju“.
2. "BLAST uzorak proizvodnje" autor Fdardel - Vlastiti rad (CC BY-SA 3.0) putem Commons Wikimedia