Razlika između T4 i T7 DNA ligaze
Share
Ključna razlika - T4 vs T7 DNA ligaza
DNA ligaza važan je enzim koji se koristi u tehnikama molekularne biologije. On djeluje kao molekularno ljepilo za spajanje nukleotida formiranjem fosfodiesterskih veza između nukleotida. Fosfodiesterske veze nastaju između 3 'hidroksilnog kraja šećerne skupine i 5' kraja fosfatne skupine. DNA ligaza je od vitalne važnosti u procesu replikacije da bi se pridružili Okazaki fragmentima zaostalog niti i tijekom mehanizama popravke DNK i in vitro eksperimenti kloniranja kako bi se vektorskom genomu pridružili željeni gen od interesa. Postoje dvije glavne DNK ligaze koje trenutno koriste molekularni biolozi: T4 i T7 DNA ligaze. T4 DNA ligaza jedan je od prvih enzima koji su izolirani iz T4 bakteriofaga. T7 DNA ligaza, koja je manji protein, enzim je izoliran iz T7 bakteriofaga. To je ključna razlika između T4 i T7 DN ligaza.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je radnja DNA ligaze
3. Što je T4 DNA ligaza
4. Što je T7 DNA ligaza
4. Sličnosti između T4 i T7 DNA ligaze
5. Usporedna usporedba - T4 vs T7 DNA ligaza u tabelarnom obliku
6. Sažetak
Kakva je radnja DNA ligaze?
Ligacija DNA nastaje u reakciji u tri koraka. Prvi korak je nukleofilni napad na alfa-fosfor ATP-a, što stvara kovalentni enzim-adenilatni intermedijer u kojem je AMP povezan s krajnjim dušikom lizina u bočnom lancu. U drugom koraku, nukleofilni napad se događa na fosfor enzima-adenilata pomoću 5'-fosfatnog okončanog supstrata DNK, oslobađajući lizin i tvoreći DNA-adenlat. U završnom koraku, DNA-adenilat napada 3'-OH drugog lanca DNA, oslobađajući AMP i pridružujući se polinukleotidima.
Što je T4 DNA ligaza?
T4 ligaza bila je prva ligaza koju su Meselson, Weigle i Kellenberger izolirali i identificirali i bila je prva ikada proizvedena komercijalna ligaza. T4 DNA ligaza je enzim ovisan o ATP-u koji katalizira stvaranje fosfodiesterskih veza. To je jedan polipeptidni lanac s 487 aminokiselinskih ostataka i ima molekulsku masu od oko 77 kDa. Optimalni pH za njegovu aktivnost nalazi se u rasponu od 7,5 - 8.
Slika 01: T4 DNA ligaza
T4 DNA ligaza, kao što joj ime kaže, prisutna je u bakteriofagu T4 i izolirana je kada je fag proizveo enzim nakon infekcije s -E coli. Enzim ligatira dvolančane DNA duplekse s tupim krajevima, a fragmenti koje treba vezati trebaju biti u neposrednoj blizini jedan s drugim.
Što je T7 DNA ligaza?
T7 ligaza je protein od 41 kDa koji proizvodi T7 bakteriofag i izoliran je infekcijom E coli Stanice. Glavna funkcija T7 ligaze je vezanje dupleksa DNA kroz fosfodiesterske veze i spajanje obližnjih fragmenata DNA tijekom pokusa kloniranja. Optimalni pH za T7 DNA ligazu nalazi se u rasponu od 7,0 do 7,2. T7 ligaza ovisi o ATP-u. DNA DNA ligaze također su sposobne za žarenje DNA i RNA hibrida, što dovodi do nenormalnih konformacija tijekom transkripcije; međutim, taj se fenomen još uvijek istražuje in vitro studije.
Koje su sličnosti između T4 i T7 DNA ligaze?
- T4 i T7 DNA ligaza sudjeluju u reakciji ligacije žareći duplekse DNA kroz stvaranje fosfodiesterske veze između 3 'OH kraja i 5' fosfatnog kraja fragmenta DNA.
- Oba enzima ligata tupim završetkom DNK dupleksa koji su u neposrednoj blizini jedan s drugim.
- Oba enzima ovise o ATP-u.
- Ti se enzimi izoliraju inficiranjem E coli stanice s određenim bakteriofagom.
- Primjena oba enzima uključuje:
- Molekularno kloniranje - za vezanje gena od interesa za vektor
- Popravak DNK - za popravak dvočlanih niša
- Reprodukcija DNA in vitro
- Lančana reakcija ligaze
Koja je razlika između T4 i T7 DNA ligaze?
T4 vs T7 DNA ligaza | |
| T4 DNA ligaza vrsta DNA ligaze izolirana iz bakteriofaga T4 i uključena je u ligaciju susjednih fragmenata DNA putem stvaranja fosfodiesterske veze. | T7 DNA ligaza vrsta DNA ligaze izolirana iz bakteriofaga T7 i uključena je u ligaciju susjednih fragmenata DNA putem stvaranja fosfodiesterske veze. |
| Veličina proteina | |
| Veličina T4 DNA ligaze je 77 kDa - veća u odnosu na T7 DNA ligazu. | Veličina T7 DNA ligaze je 41 kDa. |
| Optimalni pH | |
| Raspon pH koji djeluje na T4 DNA ligazu iznosi 7,5 - 8,0. | Raspon pH koji djeluje na T7 DNA ligazu iznosi 7,0 - 7,2. |
Sažetak - T4 vs T7 DNA ligaza
DNA ligaze su važna klasa enzima koji sudjeluju u molekularnom kloniranju da bi se proizvele rekombinantne molekule DNA koje sadrže gen koji nas zanima. Reakcija ligacije je reakcija koja koristi energiju i u tijeku su nove istraživačke studije za poboljšanje točnosti modulacijom raspoloživih ligaza. T4 i T7 DNA ligaze su dvije vrste važnih enzima DNA ligaze koji se koriste u molekularno-biološkim tehnikama. T7 DNA ligaza rezultat je i istraživanja koje se temeljilo na primarnoj ligazi izoliranoj od T4 zaražene E coli. T7 je prikazao veću učinkovitost i točnost u izvršavanju svoje funkcije zbog manje veličine. Ovo je razlika između T4 i T7 ligaze.
Preuzmite PDF verziju T4 vs T7 DNA ligase
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti je za izvanmrežne svrhe, prema navodima citata. Molimo preuzmite PDF verziju ovdje Razlika između T4 i T7 Ligase.
Reference:
1. "DNK ligaza, T4." DNA ligaza, T4 - Priručnik za enzim Worthington, dostupan ovdje. Pristupljeno 22. kolovoza 2017.
2. Doherty, Aidan J. i sur. "Bakteriofag T7 DNA ligaza PREKIDA, PROČITIVANJE, KRISTALIZACIJA I KARAKTERIZACIJA." Časopis za biološku kemiju, 10. svibnja 1996., dostupan ovdje. Pristupljeno 22. kolovoza 2017.
Ljubaznošću slike:
1. "Slika 3. Jednostruka vezana mRNA-DNA T4 DNA ligaza odvojenog pomagala." (CC BY 3.0) putem Commons Wikimedia
