Veličina prokariotskih stanica obično je promjera 0,2-2,0 mikrometara dok je eukariotska stanica promjera 10-100 mikrometara.
Eukarioti se nazivaju „pravim jezgrom“ jer sadrži jezgre vezane membranom i sastoje se od drugih organela poput lizosoma, Golgijevog kompleksa, endoplazmatskog retikuluma, mitohondrija i kloroplasta, dok prokarioti nemaju nuklearnu membranu ili druge membranske organele.
U prokariotima je flagellum napravljen od dva građevinska bloka proteina; a stanična stijenka je hemijski složena i napravljena je od peptidoglikana (jednog velikog polimera aminokiselina i šećera), dok je eukariotov flagellum složeniji s više mikrotubula i kada su prisutne stanične stijenke hemijski su jednostavne.
Kod prokariota dolazi do diobe stanica binarnom fisijom i ne dolazi do mejoze, već se samo prijenos DNA fragmenata vrši konjugacijom. Podjela stanica u eukariota događa se mitozom, a seksualna reprodukcija kroz mejozu.
Kod eukariota plazma membrana se sastoji od sterola i ugljikohidrata. Citoplazma se sastoji od citoskeleta i prisutna je struja citoplazme. Ribosomi su veće (80S) i manji (70S), a kromosomi su višestruko i linearno raspoređeni s histonima. DNA eukariota mnogo je složenija od DNK prokariota.
Kod prokariota plazma membrana ne sadrži ugljikohidrate ili sterole. Citoplazma nema citosketeton niti citoplazmatski tok. Ribosomi su manjih dimenzija (70S) i prisutni su s jednim kružnim kromosomom koji se ne sastoji od histona.