Fat32 i NTFS stvoreni su za praćenje svih datoteka na tvrdom disku. Masnoća (sustav raspodjele datoteka) koju su stvorili Bill Gates i Marc McDonald, starija je od njih dvojice, a prošla je kroz mnoge promjene od svog prvog pojavljivanja u godini 1977. Broj označava broj bita potrebnih za praćenje datoteka. Fat16 je bio standard već neko vrijeme dok na tržište nije stigao tvrdi disk s kapacitetom većim od 4 GB, u kojem je stvoren Fat32.
S druge strane, datotečni sustav NTFS nastao je iz HPFS datotečnog sustava koji koristi OS / 2, suradnja IBM-a i microsofta. Kad se dogovor nije ubrzao, neke značajke HPFS-a pojavile su se u NTFS-u kada se pojavio za Windows NT platformu. Od tada je razvijen i pojavljuje se u novijoj verziji sustava Windows, kao što su XP, Vista i uskoro izlazi Windows 7. Microsoft drži patent na NTFS i na taj način ne otkriva nikakve detalje u vezi s datotečnim sustavom koji izrađuje samo NTFS pogone čitati na Windows sustavima već dugo, iako već postoje neke Linux implementacije koje mogu pristupiti NTFS pogonima, ali bez istaknutih značajki.
Fat32 je vrlo pojednostavljen i besplatan sustav koji je također dokumentiran. To zapravo ne čini mnogo ničega, osim što pratite gdje se datoteke nalaze. Zbog toga je postao odabir datotečnog sustava za većinu prijenosnih medija za pohranu, poput flash pogona, mp3 playera i memorijskih kartica.
NTFS datotečni sustav je upravo suprotan, nudi višestruka poboljšanja koja ne samo da poboljšavaju njegove performanse već i sigurnost. Jedna od njih je prozirna kompresija datoteke koja automatski komprimira datoteku dok se upisuje na disk. To može potencijalno osloboditi malo prostora na disku, ali datoteke mogu potrajati neko vrijeme. Druga je kvota diskova gdje administrator sustava može odrediti koliki dio diska određeni korisnik može koristiti.
Odabir datotečnih sustava NTFS i FAT32 relativno je lak zadatak. Jednostavno rečeno, NTFS je bolja opcija kada ga želite implementirati na Windows računalni sustav. Ne samo zbog poboljšanja brzine, već i zbog višestrukih značajki. To ipak nije preporučljivo za prijenosne medije jer većina uređaja i drugih operativnih sustava ima poteškoće ili potpuno ne mogu pristupiti NTFS pogonima.