Razlika između kloniranja pomoću kloniranja i sekvenciranja puške

ključna razlika između kloniranja kloniranim sekvenciranjem i sekvenciranja pušaka leži u njihovoj metodi ponašanja. Kloniranje postupkom kloniranja uključuje mapiranje kromosoma i kloniranje prije sekvenciranja dok kloniranje sekvenciranjem pušaka izostavlja i preslikavanje kromosoma i korake kloniranja tijekom sekvenciranja..

Kloniranje kloniranim sekvenciranjem i kloniranje sekvenciranjem puškom dvije su metode sukvenciranja genoma današnjice. Kloniranje kloniranim sekvenciranjem pouzdanija je metoda sekvenciranja. Međutim, metoda kloniranja sekvenciranjem pušaka brža je i jeftinija. Članak se usredotočuje na suptilnu razliku između klona sekvenciranjem klonova i sekvenciranjem sačmarica.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je klon sekvenciranjem klona 
3. Što je klon sekvenciranjem pušaka
4. Sličnosti između kloniranja sekvenciranjem klonova i sekvenciranjem puške
5. Usporedna usporedba - kloniranje klonskim sekvenciranjem u slijedeće puške u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što je klon sekvenciranjem klona?

Kloniranje kloniranim sekvenciranjem je metoda sekvenciranja genoma. Za to je potrebno mapiranje svakog kromosoma prije cijepanja DNA. Nakon mapiranja, DNA bi se trebala razgraditi na fragmente dugačke 150 kilobaza. Ti su ulomci tada spremni za sekvenciranje. Sljedeći korak je umetanje fragmenata DNA u bakterijske umjetne kromosome (BAC), a zatim u bakterijske stanice. Budući da su fragmenti sada unutar bakterijskih stanica, svaki put kada se bakterija podijeli, ubačeni fragmenti DNK također se dijele i stvaraju mnoge identične kopije. Potom se DNA pojedinačnog bakterijskog klona fragmentira na 500 fragmenata dugih fragmenata. Oni su manji i preklapajući fragmenti. Dalje, sekvenciranje se odvija umetanjem ovih fragmenata u vektor s poznatom DNA sekvencom. Polazeći od poznate sekvence vektora, sekvenciranje se nastavlja do nepoznate sekvence.

Nakon završetka sekvenciranja potrebno je identificirati područja sekvenci koja se preklapaju. Nakon toga dolazi do spajanja fragmenata radi formiranja većih fragmenata koji su u početku predstavljeni u BAC-ovima. Zatim se sklapanje većih fragmenata u kromosom odvija prema mapi genoma.

Slika 01: Klon sekvenciranjem klona

Značajna prednost kloniranja sekvenciranjem klona je ta što unaprijed pripremljena karta genoma pomaže pouzdanom sastavljanju većih fragmenata. No, nedostatak ove metode sekvenciranja je taj što iziskuje dugo vremena za stvaranje mapa genoma i stvaranje klonova. Međutim, ovo je bila metoda preferirana tijekom 'Projekta ljudskog genoma'.

Što je klon sekvenciranjem pušaka?

Kloniranje sekvenciranjem sačmaricom je metoda sekvenciranja koja nasumično razbija DNK sekvence na mnogo malih fragmenata i ponovno sastavlja niz promatrajući područja koja se preklapaju. Veće genome sisavaca teško je klonirati i slijediti. To je zbog njihove strukturne složenosti i veličine. Iako je kloniranje redoslijedom kloniranja pouzdan, potrebno je dugo vremena za sekvencioniranje genoma složenih organizama. Stoga je kloniranje sekvenciranjem pušaka postalo pouzdan jeftiniji način sekvenciranja koji se može izvesti brže. Stoga se današnji znanstvenici oslanjaju na ovu metodu slijeda u borbi protiv složenih genoma.

Slika 02: Klon sekvenciranjem pušaka

Tijekom kloniranja metodom sekvenciranja sačmarica, ne provode se uobičajene faze mapiranja i kloniranja genoma. U početku je čitav genom fragmentiran na različite veličine od 20 kilobaza do 300 kilobaza. Zatim slijedi sekvenciranje. Zatim je pomoću sofisticiranog računalnog softvera potrebno sastaviti fragmente gledajući područja koja se preklapaju.

Kloniranje sekvenciranjem puškom pomaže poboljšati točnost postojećih sekvenci genoma. Glavna prednost ove metode je ta što je ona mnogo brža i jeftinija od kloniranja metodom sekvenciranja klona. Međutim, ovaj postupak ne uključuje upotrebu genetske karte. Stoga se vjerojatnije pojavljuju pogreške tijekom sastavljanja. Prema tome, ovo je glavni nedostatak u klonu metodom sekvenciranja pušaka.

Koje su sličnosti između kloniranja i kloniranja?

• Oba klona sekvenciranjem klonova i sekvenciranje pušaka dvije su metode sekvenciranja genoma.
• Tijekom obje tehnike sekvenciranja, sastavljanje rastavljenih fragmenata odvija se identificiranjem preklapanih regija.
• Također je razbijanje DNA na manje fragmente nužno i za sekvenciranje klonova i sačmarica.

Kakva je razlika između kloniranja pomoću kloniranja i sekvenciranja pušaka?

Kloniranje tehnikom sekvenciranja klona uključuje dva glavna koraka: mapiranje kromosoma i kloniranje. Suprotno tome, klon sekvenciranjem pušaka ne slijedi ova dva koraka; nasumično rastavlja DNK sekvence na mnogo malih fragmenata i ponovno sastavlja niz promatrajući područja koja se preklapaju. Dakle, ovo je ključna razlika između klona sekvenciranjem klona i sekvenciranjem sačmarica. Zbog ovog faktora kloniranje sekvenciranjem klonom je skup i dugotrajan proces, dok je kloniranje sekvenciranjem pušaka brže i jeftinije.

Međutim, manje je vjerojatnosti da će se pogreške tijekom sastavljanja pojaviti tijekom kloniranja kloniranim sekvenciranjem. Dakle, ima visoku pouzdanost. Međutim, kloniranje sekvenciranjem puškom je relativno manje pouzdana tehnika. Dakle, ovo je i značajna razlika između klona sekvenciranjem klona i sekvenciranjem sačmarica.

Donja info-grafika prikazuje više informacija o razlici između klona sekvenciranjem klona i sekvenciranjem sačmarica.

Sažetak - Kloniranje kloniranim redoslijedom u slijedeće puške

Sažimajući razliku između klona sekvenciranjem klonom i sekvenciranjem sačmarica, klon sekvenciranjem klonom i sekvenciranjem sačmarica dvije su metode sekvenciranja genoma. Međutim, kloniranje tehnikom sekvenciranja klonom uključuje i mapiranje genoma i postupak kloniranja dok kloniranje sekvenciranjem sačmarica to ne čini. Dakle, ovo je ključna razlika između klona sekvenciranjem klona i sekvenciranjem sačmarica. Budući da se mapiranje genoma odvija tijekom kloniranja sekvenciranjem klona, ​​manje je vjerojatnosti da će se dogoditi pogreške tijekom sastavljanja sekvenci. No kloniranje sekvenciranjem pušaka mnogo je brži i jeftiniji postupak. Ipak, relativno je manje pouzdan. Kloniranje kloniranim sekvenciranjem bio je poželjna metoda sekvenciranja za vrijeme projekta 'Ljudski genom'. Ali moderni se molekularni biolog više oslanja na klone sekvenciranjem pušaka.

Referenca:

1. "Što je kloniranje po klonu?" Činjenice, Tim za javno angažiranje u kampusu Wellcome Genome, 17. studenog 2014., dostupan ovdje.
2. "Što je izdvajanje pušaka?" Činjenice, Tim za javno angažiranje u kampusu Wellcome Genome, 17. studenog 2014., dostupan ovdje.

Ljubaznošću slike:

1. "Koraci molekularnog kloniranja" Alexpicardal97 - Vlastiti rad, CC BY-SA 4.0) putem Commons Wikimedia
2. "Sekvenciranje pušaka lg" Nacionalnog instituta za istraživanje ljudskog genoma - Nacionalni instituti za zdravlje. Nacionalni institut za istraživanje ljudskog genoma. "Govoreći pojmovnik genetskih pojmova". Preuzeto 17. studenoga 2016. (Javna domena) putem Commons Wikimedia