Razlika između sekvence Exome i RNA

Ključna razlika - Redoslijed Exome vs RNA
 

Sekvenciranje nukleinske kiseline je tehnika kojom se određuje redoslijed nukleotida u određenom fragmentu DNK ili RNK organizma. Sekvenciranje je važno za identificiranje DNA i RNA sastava stanice i razlikovanje određenih gena koji kodiraju funkcionalne proteine; na taj način sekvence mogu biti korištene za razumijevanje mutacija ovih gena i ekspresije gena. Sanger Sequisting metoda ili naprednije metode slijeđenja sljedeće generacije su metode sekvenciranja koje se obično koriste. Exome sekvenciranje je sekvencioniranje čitavog niza egzona ili kodirajućih DNA područja koje se nalaze u organizmu dok je RNA sekvenciranje postupak sekvenciranja ribonukleinskih kiselina (RNA). Ovo je ključna razlika između sekvence exome i RNA.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je izdvajanje sekvenci
3. Što je RNA sekvenciranje
4. Sličnosti između sekvence Exome i RNA
5. Usporedna usporedba - Redoslijed iznosa u odnosu na RNA u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što je izdvajanje sekvenci?

Exome je podskup gena koji se sastoji od kodirajućih gena određenog organizma. Geni za kodiranje imenovani su kao egzoni i transkribiraju se u mRNA i zatim se prevode u aminokiselinske sekvence. Tijekom post transkripcijskih modifikacija, mehanizam spajanja RNA u eukariotama uklanja introne (nekodirajuća područja), a egzoni ostaju. Dvije su glavne tehnike u kojima se vrši exome sekvenciranje: rješenje temeljeno na nizu.

U sekvenciranju egzome zasnovanog na otopini, DNK uzorci su fragmentirani ili restrikcijskim enzimima ili mehaničkim postupkom i denaturirani toplinom. U ovoj se tehnici koristi biotinilirana oligonukleotidna sonda (mamac) za selektivnu hibridizaciju s ciljanim regijama u genomu. Za korak vezanja koriste se magnetske kuglice streptavidina. Nakon vezanja slijedi korak pranja gdje se nevezani i ciljani nizovi isperu. Vezani ciljevi se zatim amplificiraju pomoću lančane reakcije polimeraze (PCR), a zatim se sekvencioniraju pomoću Sanger sekvenciranja ili tehnike slijeđenja sljedeće generacije.

Slika 01: Izređivanje sekvenci

Metoda koja se temelji na matrici također je slična metodi koja se temelji na otopini, samo što se fragmenti DNA ulove u mikro-niz, a zatim slijede koraci vezanja i pranja prije nego što se sekvenciraju.

Exome sekvenciranje koristi se u mnogim primjenama kao što su genetska dijagnostika bolesti, u genskoj terapiji, u identificiranju novih genetskih markera, u poljoprivredi radi identificiranja različitih korisnih agronomskih osobina i u postupcima uzgoja biljaka..

Što je RNA sekvenciranje?

Redoslijed RNA temelji se na transkriptu, koji je potpuni transkript stanice. Ključni ciljevi sekvence RNA su katalogiziranje svih vrsta transkripta, uključujući mRNA, nekodirajuću RNA i malu RNA, za određivanje transkripcijske strukture gena i kvantificiranje nivoa ekspresije svakog transkripta tijekom razvoja. Tijekom RNA sekvence, u početku su korištene hibridizacijske tehnologije (koje su komplementarne DNK izvedene iz zrelih sljedova mRNA). Trenutno se za sekvenciranje RNA koristi preciznija i naprednija tehnika dodavanja.

Slika 02: Redoslijed RNA

U sekvenciranju RNA, uzorak RNA koji može biti ukupna RNA ili frakcionirana RNA pretvara se u njenu komplementarnu DNA (cDNA) primjenom reverzne transkripcije i priprema se knjižnica cDNA. Svaki cDNA fragment priključen je na adaptere na obje strane (parno završavanje sekvence) ili na jednoj strani (pojedinačni krajni slijed). Ove označene sekvence sekvencioniraju se primjenom Sanger-ove sekvence ili sljedeće generacije, poput exome sekvenciranja.

Koje su sličnosti između sekvenciranja Exome i RNA?

• Kratki odabrani fragmenti ili cijeli niz DNA / RNA mogu se upotrijebiti za sekvenciranje Exome ili RNA.
• Slijedni fragmenti sačuvani su u knjižnicama.
• Može se koristiti sigurnije sekvenciranje ili sljedeće generacije sljedeće generacije.
• Obje su metode in vitro sljedanja.
• Slijedni fragmenti mogu se odrediti fluorescentnim oznakama.

Koja je razlika između sekvence Exome i RNA?

Exome vs RNA Redoslijed
Exome sekvenciranje je sekvenciranje cjelokupnog niza egzona ili kodirajućih DNA područja prisutnih u organizmu.	RNA sekvenciranje odnosi se na postupak sekvenciranja ribonukleinske kiseline (RNA); transkript.
Početak uzorka
Genomska DNK početni je uzorak slijeđenja egza.	RNA je početni uzorak sekvence RNA.
Sastav
Sadrži samo područja kodiranja cjelokupne DNK poznate kao Exons	Sadrži RNA-mRNA / transkript.
Nizanje
Postoje dvije glavne metode eksomeniziranja; tehnologije temeljene na rješenjima i matrici.	Sekvenciranje RNK vrši se pripravom biblioteke cDNA ekstrakcijom ukupne RNA ili fragmentirane RNA.

Sažetak - Redoslijed Exome vs RNA

Exome je potpuni skup kodirajućih područja organizma, a tehnike koje su uključene u određivanje točnog nukleotidnog redoslijeda Exome poznate su kao sekvencija exome. Redoslijed RNK je tehnika koja uključuje određivanje nukleotidnog reda RNA u organizmu. To je razlika između sekvenciranja exome i RNA.

Preuzmite PDF verziju sekvence Exome vs RNA

Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti je za izvanmrežne svrhe, prema napomeni. Molimo preuzmite PDF verziju ovdje Razlika između sekvence Exome i RNA

Reference:

1.Wang, Zhong i sur. "RNA-Seq: revolucionarno sredstvo za transkriptomiju." Pregledi prirode. Genetics, Američka nacionalna medicinska knjižnica, siječanj 2009, dostupno ovdje. Pristupljeno 3. rujna 2017.
2.Warr, Amanda i sur. "Redosljeđivanje eksomenata: sadašnje i buduće perspektive." G3: Geni | Genomi | Genetika, Genetičko društvo Amerike, kolovoz 2015., dostupno ovdje. Pristupljeno 3. rujna 2017.

Ljubaznošću slike:

1. "Exome Sequisting Workflow 1a" Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) preko Commons Wikimedia
2. "Journal.pcbi.1004393.g002" autor SarahKusala - Vlastiti rad (CC BY 3.0) putem Commons Wikimedia