Razlika između hijerarhijskog i sekvencioniranja puške cijelog genoma

ključna razlika Između hijerarhijskog i cjelovitog sekvenciranja pušaka genoma je to u hijerarhijskom sekvenciranju sačmarica, genom je prije sekvenciranja razbijen na veće fragmente, dok je u sekvenciranju pušaka cijeli genom razbijen na male fragmente za sekvenciranje..

Sekvenciranje je važna tehnika u molekularnim procesima, posebno u točnom identificiranju vrsta. U stvari, to je tehnika prepoznavanja preciznog poretka nukleotida u genu ili genomu. Postoji mnogo tehnika za sekvenciranje. Neki od njih uključuju Maxam Gilbert metodu, Sanger metod i automatiziranu Sanger metodu.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je hijerarhijsko sekvenciranje pušaka
3. Što je sekvencioniranje cijelog genoma
4. Sličnosti između hijerarhijskog i sekvencioniranja pušaka cijelog genoma
5. Usporedna usporedba - hijerarhijska usporedba puške i cijelog genoma u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što je hijerarhijsko sekvenciranje pušaka?

Hijerarhijsko sekvenciranje puške je jedna od metoda sekvenciranja. Naziva se i 'sekvenciranjem od vrha prema dolje'. Nadalje, ova metoda sastoji se od dva koraka: prvi korak je amplifikacija genoma, a drugi korak je fragmentacija genoma. U ovoj se metodi genom prvo šije u velike fragmente. Nakon toga slijedi kloniranje ovih velikih fragmenata u različite domaćine pomoću vektora ili umjetnih kromosoma. Zatim se ti rekombinantni vektori raspoređuju u knjižnicu. Tijekom sekvenciranja sačmarica, rekombinantni vektorski kloni se podvrgavaju sekvenciranju pojedinačno. Fragmenti u klonovima podvrgavaju se restrikcijskoj probavi radi daljnjeg smanjenja veličine genoma, čime se podvrgavaju sekvenciranju.

Slika 01: Hijerarhijsko sekvenciranje pušaka

Tijekom hijerarhijskog sekvenciranja pušaka, veliki dijelovi fragmenata moraju biti raspoređeni po redoslijedu, prije slijeđenja sačmarica. On se odvija uz pomoć molekularnih markera koji su ugrađeni tijekom procesa kloniranja.

Hijerarhijsko sekvenciranje pušaka stvara mapu gena male rezolucije. Ali to stvara naredenu kartu sekvence. Stoga je potrebno duže trajanje od izravnog slijeda. Cijeli proces kasni zbog stvaranja rekombinantne vektorske biblioteke. Je li to i radno intenzivna tehnika. Međutim, trenutno je tehnika automatizirana kako bi se olakšao rad.

Što je sekvencioniranje cijelog genoma?

Sekvenciranje pušaka sa cijelim genomom postupak je sekvenciranja u jednom koraku. U ovom procesu, najprije se vrši cijelo šišanje genoma. Nakon toga, svaki od tih malih fragmenata prolazi se nasumičnim redoslijedom. Po završetku sekvence provodi se analiza sekvenci. Tijekom analize sekvenci uklanjaju se preklapajuće sekvence, a analiza nije naručeni proces. Stoga je sastavljanje nizova manje učinkovit postupak u usporedbi s hijerarhijskim sekvenciranjem sačmarica. Međutim, proces sekvenciranja pušaka cijelog genoma je brži, a analiza cijelog genoma može se odvijati na jednom primjerku.

Koje su sličnosti između hijerarhijskog sekvencioniranja puške i cijelog genoma?

• Hijerarhijsko sekvenciranje i pucanje sačmarica iz cijelog genoma dva su pristupa u slijedu.
• Oboje prolaze Sanger sekvenciranje ili automatizirane Sanger-ove metode sekvenciranja.
• Oni su uključeni u sekvenciranje fragmenata DNA i RNA.
• Štoviše, obje su metode važne u molekularnoj dijagnostici i istraživačkim svrhama.
• Trenutno su obje tehnike automatizirane ili računalno utemeljene.
• Obje tehnike oslanjaju se na fragmentaciju genoma.

Koja je razlika između hijerarhijskog sekvencioniranja puške i cijelog genoma?

Hijerarhijsko sekvenciranje sačmarica stvara fragmente veće veličine u odnosu na sekvenciranje pušaka cijelog genoma, što djeluje s malim fragmentima sekvenci. Dakle, ovo je ključna razlika između hijerarhijskog i cjelovitog sekvenciranja pušaka u genomu. Osim toga, hijerarhijsko sekvencioniranje sačmarica sastoji se od dva glavna koraka, dok se cjelovito genomiranje slijeda na pušku temelji na jednom velikom koraku.

Nadalje, još jedna razlika između hijerarhijskog sekvenciranja puške u cijelom genomu je ta što je razlučivost veća kod sekvenciranja pušaka u cijelom genomu u usporedbi s hijerarhijskim sekvenciranjem pušaka..

Niži infografski prikaz sažima razliku između hijerarhijskog i cjelokupnog genskog slijeda sačmarica.

Sažetak - Redoslijed hijerarhijskog i sekvenciranja puška na čitavom genomu

Hijerarhijsko sekvenciranje puške i cijelog genoma dvije su tehnike za sekvenciranje velikih genoma. Hijerarhijski slijed sačmarica je postupak u dva koraka sekvenciranja, gdje je genom razbijen na veće fragmente. Suprotno tome, sekvencioniranje puške sa cijelim genomom je jednostepeno sekvenciranje, gdje je genom razbijen na male fragmente i izravno sekvencioniran. Dakle, ovo je ključna razlika između hijerarhijskog i cjelovitog sekvenciranja pušaka u genomu. Nadalje, tehnički aspekti mogu se razlikovati između dvije tehnike.

Referenca:

1. Waterston, Robert H i sur. "O sekvenciranju ljudskog genoma." Zbornik radova Nacionalne akademije znanosti Sjedinjenih Američkih Država, Nacionalne akademije znanosti, 19. ožujka 2002, dostupno ovdje.
2. Pal, Shital. "Sekvenciranje genoma." LinkedIn SlideShare, 4. studenog 2014., dostupno ovdje.

Ljubaznošću slike:

1. „Sekvenciranje pušaka u cijelom genomu prema hijerarhijskom sekvenciranju pušaka“ By Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Metode računske biologije i njihova primjena u komparativnoj genomiki endocelularnih simbiotskih bakterija insekata.“ Biol. Postupci putem interneta (2009). Pristupljeno putem SpringerImages (CC BY-SA 2.5) putem Commons Wikimedia