Razlika između PCR primera i sekvencioniranja primera
Share
Ključna razlika - PCR Primeri vs Nizanje Temeljni premazi
S nedavnim dostignućima u području molekularne biologije, razvijene su različite genetske tehnike koje su olakšale i precizne istraživačke procese različitih aspekata. PCR i ostali postupci sekvenciranja dvije su važne takve tehnike. Koriste različite potkomponente. Prajeri se smatraju glavnom potkomponentom zajedničkom i PCR i tehnikama sekvenciranja. PCR prajmeri se koriste za amplifikaciju određenog niza DNK, dok su sizjednačavajući se primeri upotrebljavaju u kontekstu sekvenciranja fragmenta DNA s namjerom otkrivanja njegovog specifičnog redoslijeda nukleotidne sekvence. Ovo je ključna razlika između PCR primera i sekvenciranja prajmera.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što su PCR primeri
3. Što su sekvencijalni primeri
4. Sličnosti između PCR primera i sekvencioniranja primera
5. Usporedna usporedba - PCR prajmeri u slijedu za odabir prajmera u tabelarnom obliku
6. Sažetak
Što su PCR primeri?
Lančana reakcija polimeraze (PCR) genetska je tehnika koja se koristi u području molekularne biologije kako bi se povećala jedna ili nekoliko kopija određenog DNK segmenta i dobilo više milijuna identičnih kopija. U PCR reakciji koriste se različite komponente uključujući prajmere. Primeri su kratki nizovi DNA s nukleotidnom duljinom od 18-25, što ih čini kompatibilnim sa početnim i krajnjim dijelom fragmenata DNA koji se trebaju amplificirati. Temeljni premazi mogu biti prednji i obrnuti temeljni premazi. Ti se primeri vežu na fragment DNK na određenim mjestima gdje se DNK polimeraza vezuje za specifični primer na mjestu i započinje sintezu novog lanca DNA.
Odabir prajmera važan je aspekt PCR procesa. Odabir duljine temeljnog premaza je važan. Idealna duljina bila bi 18-25 nukleotida. Ako je duljina prekratka ili preduga, temeljni premazi se neće vezati za DNK sekvencu koju će precizno pojačati. Prekraka primera dovodi do nespecifičnog žarenja primera na različitim lokacijama DNK sekvence.
Slika 01: PCR primeri
Sadržaj gvanina i citozina (GC) u dobrom temeljnom premazu trebao bi biti u rasponu 40-60. Temperatura zagrijavanja prajmera i temperatura taljenja vitalni su čimbenici tijekom PCR-a. Temperatura taljenja treba biti točno izračunana, a temperatura zagrijavanja temeljnog premaza 5 0C niža od temperature taljenja. Temperatura taljenja trebala bi biti 60 ° C i 75 ° C. Previsoke ili preniske temperature rezultirat će s manje aktivnom aktivnošću DNA polimeraze.
Što su sekvencijalni primeri?
Sekvencijski se primer upotrebljava u kontekstu sekvenciranja fragmenta DNA s namjerom da se otkrije njegov specifični identitet. Za postizanje dobrih rezultata sekvenciranja važni su visokokvalitetni temeljni slojevi i obrasci. Prema tome, kad se odabiru prajmeri, oni bi trebali biti jedinstveni za određenu regiju u kojoj želimo slijediti redoslijed. Također bi trebao biti s točnom orijentacijom, gdje sekvence obično generiraju sa 3 'do 5' kraja primera. U slijedu treba nedostajati nepoželjna auto-hibridizacija kao što je formiranje petlji za ukosnice. On ne bi trebao sadržavati uzastopno stvaranje Guaninskih baza.
Temperatura tališta (Tm) temeljnog premaza mora biti pogodna uvjetima sekvenciranja. Stoga bi trebao ležati između 52oC i 74oC. Priprema oligonukleotida koji se koriste kao temeljni premaz treba pročistiti da se dobije željena cjelovita duljina sekvence. Ako oligonukleotidi sadrže nečistoće, signalizacija sekvence prajmera će se nanositi s različitih mjesta primanja, a također će smanjiti broj baznih stanica.
Slika 02: Redoslijed primera
Temperatura taljenja prajmera (Tm) oligonukleotida određuje koliko su jake komplementarne lance DNA međusobno hibridizirane. Tm se može smatrati termodinamičkim proračunom gdje je ovisan o DNK sekvenci i nekoliko uvjeta, poput koncentracije soli. Tm je važan tijekom PCR-a gdje se koristi varijanta koja se naziva sekvenciranje ciklusa za proizvodnju skupine fragmenata okončanih dideoksinukleotidom. Ovdje će temeljni premaz koji se sekvencirati početno alternativno zaleđivati, zatim produžiti i na kraju denaturirati radi amplifikacije. Stoga bi vrijednost Tm trebala biti između 52oC i 74o C. Sintetizirani oligonukleotidi se prema izboru mogu dobiti iz laboratorija za sintezu DNA / RNA. Mala ljestvica sinteze koja se koristi za sekvenciranje DNK obično je 50 nmol. Najvažnije je također da se temeljni premazi koji se koriste za sekvenciranje očiste bez nečistoća koje će spriječiti smanjenje kvalitete.
Koje su sličnosti između PCR primera i sekvencirajućih primera?
- I PCR prajmeri i sekvencionirajući primeri su prajmeri koji se koriste u procesu amplifikacije ciljane DNK sekvence.
- I PCR primeri i sekvencionirajući primeri su sastavljeni od nukleotida.
- I PCR primeri i sekvencionirajući primeri su kratki oligomeri.
Koja je razlika između PCR primera i sekvencioniranja primera?
PCR primera vs sekvencioniranje primera | |
| PCR prajmeri su kratki lanci DNA s duljinom nukleotidne sekvence 18-25, što ih čini kompatibilnim s početnim i završnim dijelom fragmenata DNA koji se trebaju povećati. | Sekvencionirajući prajmeri su kratki oligomeri koji se koriste u kontekstu sekvenciranja fragmenta DNA s namjerom da otkriju njegov specifični identitet. |
| Funkcija | |
| PCR prajmeri se koriste za amplifikaciju određene DNA sekvence. | Sekvencijski se primer upotrebljava u kontekstu sekvenciranja fragmenta DNA s namjerom da se otkrije njegov specifični identitet. |
| Broj potrebnih primera | |
| Dva primera; jedan prednji temeljni premaz i jedan obrnuti temeljni premaz koriste se kao PCR prajmeri. | Treba vam samo jedan temeljni premaz kao temeljni premaz. |
Sažetak - PCR Primers vs Nizanje Temeljni premazi
Sekvencijski se primer upotrebljava u kontekstu sekvenciranja fragmenta DNA s namjerom da se otkrije njegov specifični identitet. Jedan temeljni sloj će biti dovoljan za pokretanje postupka. Za postizanje dobrih rezultata sekvenciranja važni su visokokvalitetni temeljni premazi i obrasci. Prema tome, kad se odabiru prajmeri, oni bi trebali biti jedinstveni za određenu regiju u kojoj želimo slijediti redoslijed. PCR primeri su kratki nizovi DNA s duljinom nukleotida od 18-25, što je kompatibilno s početnim i završnim dijelom fragmenata DNA koji se trebaju amplificirati. PCR primeri mogu biti prajmer i reverzni temeljni premaz. Sadržaj gvanina i citozina (GC) u dobrom temeljnom premazu trebao bi biti u rasponu 40-60. Temperatura zagrijavanja prajmera i temperatura topljenja vitalni su aspekti tijekom PCR-a. To je razlika između PCR primera i sekvenciranja prajmera.
Referenca:
1. "Lančana reakcija polimeraze (PCR)." Khan Akademija. Dostupno ovdje
2. "Sekvenciranje slojeva i dizajna temeljnih premaza." Sekvenciranje temeljnih premaza i dizajna temeljnih premaza | Sveučilišne temeljne DNK usluge | Sveučilište u Calgaryju. Dostupno ovdje
Ljubaznošću slike:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Vlastiti rad, (CC BY-SA 3.0) putem Commons Wikimedia
2.'DNA Sequencin 3 metode označavanja'Bi Abizar (izvorni učitavač) na engleskoj Wikipediji - prenio Gustavocarra., (Javno vlasništvo) putem Commons Wikimedia
