Razlika između sonde i primera

Ključna razlika - Sonda vs Primer
 

Molekularna sonda je mali fragment DNA ili RNA koji prepoznaje komplementarne sekvence u DNA ili RNA i omogućava identifikaciju ciljne sekvence. Primer je mali deo DNA ili RNA koji služi kao polazna točka za sintezu DNK. Primeri i sonde hibridiziraju se s komplementarnim nukleotidima predloške DNA ili ciljane DNA. Međutim, ključna razlika između sonde i temeljnog premaza je u tome klice su potrebne za replikaciju DNK dok su sonde potrebne za otkrivanje specifičnih sekvenci u DNA uzorku.

SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je sonda
3. Što je Primer
4. Usporedna usporedba - Sonda vs Primer
5. Sažetak

Što je sonda?

Sonda je mali fragment DNA ili RNA koji se koristi za detekciju ciljane DNA ili RNA u uzorku molekularnom hibridizacijom. Poznati su i kao molekularni markeri. Duljina sonde može varirati (100 do 1000 baza), a nukleotidi sonde su komplementarni dijelu ciljane sekvence. Radi lakšeg otkrivanja, sonde su označene radioaktivnim izotopima ili fluorescentnim bojama ili antitijelima. Sonde se vežu s komplementarnim bazama ciljne sekvence i otkrivaju prisutnost ciljane DNA ili RNA u uzorku. Postoje dvije glavne metode označavanja sondi: kraj označavanja i prijevoda nadimaka. Sonde su razvrstane u različite vrste uključujući DNA sonde, RNA sonde, cDNa sonde i sintetske oligonukleotidne sonde, a pripremaju se korištenjem različitih tehnika.

Sonde su važni alati u mnogim mikrobnim i molekularnim područjima kao što su virologija, forenzička patologija, testiranje očinstva, otisak prsta DNK, otkrivanje genetskih bolesti, RFLP, molekularna citogenetika, in situ hibridizacija itd.

Slika 01: Fluorescentno obilježena sonda koja se koristi u FISH-u za otkrivanje patogena

Što je Primer?

Primer je kratak fragment DNA ili RNA koji služi kao pokretač sinteze DNK. Enzim DNK polimeraza dodaje nukleotide u 3 'OH grupu sekvence prajmera i sintetizira novi lanac komplementarni DNA predloška. Primeri su vrlo kratki fragmenti duljine od 18 do 20 nukleotida. Kemijski su sintetizirani u laboratoriju za in vitro Amplifikacija DNA (PCR). Primeri mogu imati bilo koji slijed nukleotida jer ih je dizajnirao korisnik. Sintetizirani su tako da se podudaraju s komplementarnim bazama DNA predloška. Stoga može imati bilo koji slijed nukleotida. Primeri su od najveće važnosti za replikaciju DNK jer DNK polimeraza ne može sintetizirati novu DNK bez prethodno postojećeg dijela DNK. Pri dizajniranju prajmera za PCR potrebno je uzeti u obzir sljedeće stvari:

• Primeri trebaju sadržavati komplementarne nukleotide do bočnog kraja DNK koji se želi povećati.
• Temeljni premazi trebaju imati temperaturu taljenja između 55 - 65 ⁰C
• Sadržaj G i C treba biti između 50 i 60%.

Dva PC se upotrebljavaju u PCR-u kao naprijed i natrag za umnožavanje oba lanca uzorka DNA. Primeri se obično koriste za provođenje PCR i DNA sekvenciranja.

Slika 02: Primjer žarenja u PCR-u

Koja je razlika između sonde i primera?

Sonda vs Primer
Sonda je mali fragment DNA / RNA koji se koristi za otkrivanje prisutnosti ciljnog niza u uzorku molekularnom hibridizacijom.	Primer je mali dio DNA ili RNA koji služi kao polazna točka za replikaciju DNK.
Funkcija
Ovim se otkriva prisutnost specifične sekvence u uzorku DNK ili RNA.	To djeluje kao polazište za sintezu DNA.
dužina
Duljina može biti u rasponu od 100 do 1000 baza	Duljina je obično oko 18 - 20 baza
Vezivanje s komplementarnom sekvencom
Sonda se hibridizira s komplementarnim bazama ciljnog niza	Primer se odstranjuje pomoću komplementarnih podloga DNA lanaca.
označavanje
Sonde su označene radi lakšeg otkrivanja	Primeri se uglavnom ne obilježavaju
Upotreba u PCR-u
Sonde se ne koriste u PCR-u	Primeri se koriste u PCR-u

Sažetak - Sonda vs Primer

Sonda je mali fragment DNA ili RNA sekvence koji se može hibridizirati s komplementarnim nukleotidima kako bi se detektirala ciljna sekvenca u uzorku. Sonde su označene radioaktivno, imunološki ili fluorescentno da bi se vidjela prisutnost ciljane sekvence. Primer je vrlo mali fragment DNA ili RNA koji djeluje kao početna točka in vitro Amplifikacija DNA. DNK polimeraza identificira 3 'OH grupu temelj i inicira izgradnju novog niza komplementarnog predlošku. Sonde i početnici djeluju na sličan način hibridiziranjem komplementarnih nukleotida. Dakle, ključna razlika između sonde i temeljnog premaza je njihova glavna funkcija.

Referenca:
1. "Primer (molekularna biologija)." Wikipedia. Zaklada Wikimedia, 02. veljače 2017. Web. 01. ožujka 2017.
2. "Sonda za hibridizaciju." Wikipedia. Zaklada Wikimedia, 30. prosinca 2016. Web. 01. ožujka 2017
3. "Primer (molekularna biologija)." Primer (molekularna biologija) - Znanstvene teme. N.p., n.d. Mreža. 01. ožujka 2017

Ljubaznošću slike:
1. "RIBE za identifikaciju bakterijskog patogena" Pepetps Togopic Ivan Akira Magnus ManskeTimothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Primers RevComp Melted2" Richarda Wheelera (Zephyris) - Vlastito djelo (CC BY-SA 3.0) putem Commons Wikimedia