Razlika između proteomike i transkriptomike

Ključna razlika - proteomika vs Transcriptomics
 

Omic tehnologija je aktualni trend u kojem se različite biomolekule organizma promatraju kao cjelovita kolekcija s obzirom na svojstva i funkcije. Omic tehnologija ima široku paletu primjena. Različite omice biološkog uzorka uključuju genomiku, proteomiku, transkriptomiku i metabolomiju. Proteomika uključuje cjelovito proučavanje svih proteina u živom organizmu. Definira se kao skup svih eksprimiranih proteina u organizmu, njegovih strukturnih i funkcionalnih svojstava. Kompletni skup proteina, dakle, tvori proteome. Transcriptomics je cjelovito proučavanje svih glasnica RNA (mRNA) molekula prisutnih u živom organizmu. Dakle, transkriptomija se bavi genima koji se aktivno izražavaju u živom organizmu. Ukupni skup mRNA u živom organizmu naziva se transkriptom. ključna razlika između proteomike i transkriptomike temelji se na vrsti biomolekule. U proteomici se proučava ukupan skup eksprimiranih proteina u živom organizmu, dok se u transkriptomici proučava ukupna mRNA živog organizma.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je Proteomics
3. Što je Transcriptomics
4. Sličnosti između proteomike i transkriptomike
5. Usporedna usporedba - Proteomics vs Transcriptomics u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što je Proteomics?

Izraz proteomika skovan je 1995. godine i u početku ga je definirao kao ukupni proteinski komplement u stanici, tkivu ili organizmu. Kako je napredovala u proteomskim studijama, tada je izmijenjena i smatra se krovnim izrazom u koji su uključena mnoga područja istraživanja. Trenutno se pod temom proteomika proučavaju struktura, orijentacija, funkcije, njezine interakcije, modifikacije, primjena i važnost proteina. Stoga se danas provodi mnogo istraživanja iz područja proteomike.

Prve proteomske studije rađene su radi utvrđivanja sadržaja proteina u Escherichia coli. Mapiranje ukupnog sadržaja proteina izvedeno je korištenjem dvodimenzionalnih (2D) gelova. Nakon uspjeha toga, znanstvenici su prešli na karakterizaciju ukupnog sadržaja proteina u životinjama poput zamorca i miševa. Trenutno se preslikavanje proteina čovjeka provodi pomoću 2D gel elektroforeze.

Primjene proteomike

Mnogo je prednosti proučavanja proteomike, jer su proteini vodeće molekule većine aktivnosti zbog svojstva proteina katalizatora. Dakle, proučavanje čitavih proteina može pružiti informacije o zdravstvenom stanju organizma. Neke su aplikacije;

1. Bilješke o genomu: Proučavanjem sadržaja proteina u organizmu mogu se utvrditi točni genomi odgovorni za aktivni proteinski spoj. U ovom su scenariju važni rezultati svih genoma, transkriptomija i proteomika.
2. Identifikacija bolesti / dijagnostika bolesti: Proteomics se koristi za identificiranje stanja bolesti, uspoređivanjem zdravih i bolesnih
3. Za provođenje ekspresija proteina proučavali tijekom eksperimentiranja.
4. Promjene proteina i studije interakcije: Kako bi se koristili proteini u vitro uvjeti ili i in vivo uvjeta skladištenja tih ekstrahiranih proteina i proučavanja ponašanja proteina u in vitro, in vivo i in - silikonske metode.

Slika 01: Proteomika

Postoje različite tehnike koje su uključene u proteomiku

1. Ekstrakcija ukupnog proteina i odvajanje proteina primjenom 2D gel elektroforeze. Proteini se mogu odvojiti i pomoću tekuće hromatografije visoke performanse (HPLC).
2. Sekvenciranje ekstrahiranih proteina metodama kao što je Edmund-ova metoda sekvenciranja ili masenom spektrometrijom.
3. Nakon što su identificirani nizovi, analiziraju se strukturna i funkcionalna svojstva proteina pomoću računalno utemeljenog softvera i bioinformatičkih alata.

Što je Transcriptomics?

Pojam transkripta skovan je nedavno. Transkriptomija je proučavanje ukupnog sadržaja mRNA u organizmu. Ukupna mRNA je eksprimirana DNK u živom organizmu ili stanici. Kompletna zbirka mRNA spominje se kao transkript.

Koraci prema analizi transkripta uključuju,

1. Ekstrakcija RNA, odvajanje mRNA pomoću kromatografije na stupcu gel s poli DT perlama.
2. Izvršeno je sekvenciranje mRNA.

Microarray tehnologija je jedan od uobičajenih načina identificiranja transkripta organizma. Tehnologija mikrorasta uključuje probnu ploču s komplementarnim žicama transkripta. Nakon hibridizacije može se karakterizirati mRNA prisutna u organizmu ili stanicama.

Slika 02: Transkriptomske tehnike

Transcriptomics se danas široko koristi u medicini. Dijagnostika bolesti i profiliranje bolesti glavna su polja u kojima se koristi Transcriptomics. Analizom transkripta organizma može se identificirati strana mRNA, a ako postoje infekcije može se identificirati. Nekodirajuća RNA može se odvojiti transkriptomskim tehnologijama. A također se može pratiti i ekspresija gena pod različitim stresima u okolišu.

 Koje su sličnosti između proteomike i transkriptomike?

• Oboje čine dio koncepta omic tehnologije.
• Oba se koriste u dijagnostici bolesti i karakterizaciji bolesti organizma.
• Oba područja istraživanja uključivala su ekstrakciju biomolekule, odvajanje biomolekule i korake sekvenciranja.

Koja je razlika između proteomike i transkriptomike?

Protemics vs Transcriptomics
Proteomika uključuje cjelovito proučavanje svih proteina u živom organizmu.	Transcriptomics je cjelovito proučavanje svih glasnica RNA (mRNA) molekula prisutnih u živom organizmu.
Proučavao bio-molekularni tip
Proteini se proučavaju u proteomikama.	mRNA se proučava u transkriptomiji.
Čimbenici proučavanja
Struktura, funkcija, interakcije, modifikacije i primjena proteina proučavaju se u proteomikama.	Struktura slijeda, interakcije s okolinom i primjene mRNA proučavaju se u transkriptomiji.

Sažetak - Proteomika vs Transcriptomics 

Omici igraju važnu ulogu na području znanosti o životu. Proteomics se odnosi na proučavanje proteoma koji tvori kompletnu kolekciju proteina u stanici ili organizmu. Transcriptomics se odnosi na proučavanje transkripta koji je kompletan skup izražene DNA koja je u obliku mRNA. Dva područja istraživanja, proteomika i transkriptomija, izvedena su nakon uvođenja genomike i trenutno se široko primjenjuju u medicinskoj dijagnostici te u karakterizaciji i probiranju organizama. To je razlika između proteomike i transkriptomike.

Preuzmite PDF programa Proteomics vs Transcriptomics

Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti je za izvanmrežne svrhe, prema napomeni. Molimo preuzmite PDF verziju ovdje: Razlika između Proteomics i Transcriptomics

Referenca:

1.Horgan, Richard P i Louise C Kenny. "Omičke" tehnologije: genomika, transkriptomija, proteomika i metabolomika. " Akušer i ginekolog, Blackwell Publishing Inc, 18. srpnja 2011. Dostupno ovdje  
2.Graves, Paul R. i Timothy A. J. Haystead. "Vodič za proteomiku molekularnog biologa." Recenzije mikrobiologije i molekularne biologije, Američko društvo za mikrobiologiju, ožujak 2002. Dostupno ovdje
3.Lowe, Rohan i sur. "Tehnologije transkriptomike." PLoS Computational Biology, Public Library of Science, svibanj 2017. Dostupno ovdje  

Ljubaznošću slike:

1.'Proteomics'By Xxl7441 na engleskim Wikibooks - Prebačeno iz en.wikibooks u Commons., (Public Domain) putem Commons Wikimedia
2. 'Mikronaredba i redoslijed protočnih ćelija' Thomas Shafee - Vlastiti rad, (CC BY 4.0) putem Commons Wikimedia