Razlika između slučajnih primera i Oligo dT

ključna razlika između slučajnih primera i oligo dT je to nasumični prajmer je mješavina svih mogućih heksamer oligonukleotidnih sekvenci, dok se oligo dT primer sastoji od jednolančanog dijela 12-18 deoksitimidina.

Reverzna transkripcija je mehanizam u kojem se cDNA može sintetizirati koristeći mRNA ili bilo koju vrstu RNA. Da bi se stvorila cDNA, potrebno je osigurati enzim reverzne transkriptaze i ostale potrebne komponente, posebno predložak i temeljne premaze. Primeri su kratke DNK sekvence posebno dizajnirane za amplifikaciju ciljnih sekvencija. Nasumični primeri i oligo dT-primeri su dvije uobičajene vrste primera koji se koriste u obrnutoj transkripciji. Stoga su nasumični prajmer ili oligo dT primer kratki DNK oligonukleotidni nizovi potrebni da bi se reverznom transkriptazom pokrenula reverzna transkripcija. Ovisno o RNA predlošku, između ove dvije vrste temeljnih premaza može se odabrati odgovarajući temeljni premaz.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što su slučajni primeri 
3. Što je Oligo dT
4. Sličnosti između slučajnih primera i Oligo dT
5. Usporedna usporedba - nasumični premazi protiv Oligo dT u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što su slučajni primeri?

Nasumični prajmer je mješavina oligonukleotida koji predstavljaju sve moguće sekvencije heksamera. Redoslijed prajmera slučajnog prajmera je 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T ili C. Stoga se nasumični prajmeri mogu upotrijebiti za amplifikaciju jednolančane DNA ili RNA DNA polimerazom ili reverznom transkriptazom, odnosno. Osim toga, slučajna prajmer smjesa je sposobna amplificirati sve regije RNA da bi stvorila cDNA. Tako nastaje cDNA različite duljine.

Slika 01: Slučajni primeri

Najvažnije je da slučajna smjesa prajmera ne pokazuje specifičnost predloška. Ne može razlikovati mRNA i ostale RNA vrste. A zatim se angelira s bilo kojom vrstom RNA u uzorku. Međutim, slučajna prajmer smjesa je pogodna za reverznu transkripciju RNA bez poli (A) repova, poput rRNA, tRNA, nekodirajućih RNA, malih RNA, prokariotske mRNA itd., Degradirane RNA i RNA s poznatim sekundarnim strukturama.

Što je Oligo dT?

Oligo dT temeljni premaz proteže se od 12-18 dezoksitimina (dT). Slijed primera može se predstaviti kao 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Koristi se za proizvodnju cDNA iz mRNA koja sadrži poli (A) rep. U osnovi djeluje kao primer za reakciju kataliziranu reverznom transkriptazom. Tijekom obrnute transkripcije, oligo dT prajmer odgađuje polideniliranim repom koji se nalazi na 3 'kraju većine eukariotskih mRNA i pokreće postupak.

Slika 02: Obrnuta transkripcija pomoću Oligo dT primera

Za razliku od slučajnog primera, oligo dT primer nije pogodan za degradiranu RNK ili RNK kojima nedostaju repovi poli (A), uključujući prokariotsku RNK i mikroRNA.

Koje su sličnosti između slučajnih primera i Oligo dT?

• Nasumični prajmer i oligo dT primer su dvije vrste primera koji se koriste u obrnutoj transkripciji i stvaranju cDNA.
• Korištenje slučajnog prajmera i oligo dT prajmera zajedno povećava osjetljivost sinteze cDNA.
• Oni su jednolančani kratki nukleotidni nizovi.

Koja je razlika između slučajnih primera i Oligo dT?

Nasumični primer je kratki oligonukleotidni niz koji je sastavljen od slučajne sekvence. U međuvremenu, oligo dT primer kratki je niz koji se sastoji od 12 do 18 deoksitimidina. Dakle, ovo je ključna razlika između slučajnih primera i oligo dT. Redoslijed slučajnog primera je 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T ili C. Dok je sekvenca oligo dT prajmera 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' , Stoga možemo ovo smatrati još jednom razlikom između slučajnih početnika i oligo dT.

Štoviše, nasumični prajmeri ne pokazuju specifičnost predloška i oni isijavaju s bilo kojom vrstom RNK, dok oligo dT prajmeri pokazuju specifičnost za poli (A) repove eukariotske mRNA.

Podaci u nastavku rezimiraju razliku između slučajnih početnika i oligo dT-a.

Sažetak - Random Primers vs Oligo dT

Nasumični prajmer i oligo dT prajmer su dvije vrste primera koji se koriste u sintezi cDNA. Nasumični prajmer sastoji se od mješavine oligonukleotida koji predstavljaju sve moguće sekvencije heksamera, dok je oligo dT primer jednolančani niz od 12 do 18 deoksitimidina. Dakle, ovo je ključna razlika između slučajnih primera i oligo dT. Osim toga, oligo dT prajmeri su korisni za reverznu transkripciju cijele RNK s poli (A) repom, dok su slučajni prajmeri korisni za reverznu transkripciju većine RNA vrsta, uključujući degradiranu RNK, RNK kojima nedostaju repovi (A) i RNA koji sadrže sekundarne strukture. Stoga, slučajni primer ne pokazuje specifičnost predloška dok oligo dT primer pokazuje specifičnost prema eukariotskoj mRNA koja sadrži poli (A) rep.

Referenca:

1. "Postavljanje obrnute transkripcije: Thermo Fisher Scientific - SAD." Postavljanje obrnute transkripcije | Thermo Fisher Scientific - SAD, dostupno ovdje.

Ljubaznošću slike:

1. “Primers RevComp” od Zephyris - Vlastito djelo (CC BY-SA 3.0) preko Commons Wikimedia
2. "RT PCR model" od Lokeshthimmana - Vlastiti rad (CC BY-SA 4.0) preko Commons Wikimedia