Razlika između sekvenciranja puške i sekvencioniranja nove generacije

ključna razlika Između sekvenciranja pušaka i slijeđenja sljedeće generacije je to Sekvenciranje sačmarica je metoda sekvenciranja koja slučajnim postupkom razbija DNK sekvence na mnogo malih fragmenata i ponovno sastavlja niz promatrajući područja koja se preklapaju, dok je sekvencioniranje sljedeće generacije (NGS) napredna metoda genetskog sekvenciranja koja ovisi o kapilarnoj elektroforezi.

Sekvenciranje je postupak koji određuje precizan redoslijed nukleotida u genu, grupi gena, kromosomu i kompletan genom. Vrlo je važno u genskim studijama, forenzičkim studijama, virologiji, biološkom sustavu, medicinskoj dijagnozi, biotehnologiji i mnogim drugim područjima analizirati strukturu i funkciju gena i identifikaciju organizama. Osim toga, dostupne su različite vrste slijeda. Sekvenciranje puške i sekvencioniranje sljedeće generacije dvije su napredne metode.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je sekvencioniranje pušaka 
3. Što je slijedeća generacija sljedeće generacije
4. Sličnosti između sekvencioniranja puške i sekvencioniranja nove generacije
5. Usporedna usporedba - Sekvenciranje pušaka u odnosu na sljedeće generacije u tabličnom obliku
6. Sažetak

Što je izdvajanje pušaka?

Sekvenciranje pušaka je metoda sekvenciranja koja nasumično razbija DNK sekvence čitavog kromosoma ili čitavog genoma na mnogo malih fragmenata i ponovno sastavlja nizove pomoću računala promatrajući preklapajuće sekvence ili regije. Generalno, genomi sisavaca su strukturno složeni i veće veličine. Stoga ih je kloniranjem teško slijediti, jer to zahtijeva mnogo vremena. Sekvenciranje pušaka brži je način. Također je jeftinije provesti. Stoga se današnji znanstvenici oslanjaju na metodu sekvenciranja pušaka u borbi protiv složenih genoma.

Slika 01: Sekvenciranje pušaka

Postupak sekvenciranja pušaka relativno je jednostavan. Počinje s fragmentacijom cijelog genoma u različite veličine od 20-kilogramskih do 300-kilogramskih baza. Tada bi svaki fragment trebao biti sekvencioniran korištenjem metode prekida lanca. Nakon sekvenciranja, potrebno je sastaviti fragmente pregledavanjem područja koja se preklapaju koristeći sofisticirani računalni softver. Konvencionalno mapiranje i kloniranje sekvenci nisu neophodni za ovu metodu. Nadalje, upotreba genetske karte ne odvija se u ovoj metodi. Međutim, budući da ne postoji uporaba postojećih karata genoma, vjerojatnije je da će se pojaviti pogreške tijekom sastavljanja. To je jedan od glavnih nedostataka ove metode. Nadalje, kraći fragmenti daju manje jedinstvene informacije za svako čitanje u ovoj metodi. Nadalje, sekvenciranje sačmarica ne daje dovoljno podataka za određivanje konsenzusne sekvence na traženom standardu točnosti.

Unatoč gore navedenim nedostacima, metoda sekvenciranja sačmarica trenutno je najučinkovitija i najisplativija strategija za sekvenciranje mikrobnih genoma, uključujući bakterije, viruse i kvasac. To je zato što njihovim genima nedostaju ponavljajuća područja koja je teško slijediti, a moguće je lako sastaviti te genome u kromosome bez pogreške.

Što je sljedeće generacije?

Sljedeća generacija sekvenciranja (NGS) je pojam koji se koristi za označavanje modernih procesa sekvenciranja visoke propusnosti. Opisuje niz različitih modernih tehnologija slijeda koje su revolucionirale genomske studije i Molekularnu biologiju. Te tehnike uključuju sekvence Illumina, Roche 454, Ion Proton sekvence i SOLiD (Sequencing by Oligo Ligation Detection) sekvenciranje. NGS sustavi su brži i jeftiniji. Četiri glavne sekvence DNA se koriste u NGS sustavima: pirokvencioniranje, sekvenciranje sintezom, sekvenciranje ligacijom i ionsko poluvodičko sekvenciranje. Veliki broj DNA ili RNA lanaca (milijuni) mogu se paralelno sekvencirati NGS-om. Omogućuje sekvenciranje cjelokupnog genoma organizma u kratkom vremenskom razdoblju.

Slika 02: Redoslijed sljedeće generacije

NGS ima različite prednosti. To je brzi, precizniji i isplativiji postupak koji se može izvesti s malom veličinom uzorka. Stoga omogućava analizu cjelokupnog ljudskog genoma u jednom pokusu sljedanja. Nadalje, NGS se može upotrijebiti u metagenomskim studijama, u otkrivanju varijacija unutar pojedinog genoma zbog umetanja i brisanja, itd., Te u analizi genskih ekspresija. Štoviše, NGS može istovremeno analizirati čitave transkripte iz velikog broja tkiva. Stoga je NGS napravio revoluciju u analizi transkripta.

Koje su sličnosti između sekvencioniranja puške i sekvencioniranja nove generacije?

• Sekvenciranje pušaka i sekvenciranje sljedeće generacije dvije su metode sekvenciranja genoma.
• Obje su metode brze metode.
• Štoviše, to su isplative metode.
• Oni su u stanju paralelno sekvencirati mnoge fragmente DNK.

Koja je razlika između sekvence puške i sekvencioniranja nove generacije?

Sekvenciranje pušaka i sekvenciranje sljedeće generacije dvije su napredne tehnike sekvenciranja. Metoda sekvenciranja puške nasumično razbija DNK sekvence čitavog kromosoma ili čitavog genoma na mnogo malih fragmenata i komplicira sekvence pomoću računala promatrajući preklapajuće sekvence ili regije. Suprotno tome, sekvencioniranje sljedeće generacije (NGS) je pojam koji se odnosi na moderne procese sekvenciranja visoke propusnosti. Dakle, ovo je ključna razlika između sekvence hitaca i slijeđenja sljedeće generacije. Nadalje, sekvencioniranje sljedeće generacije je tehnika koja ovisi o kapilarnoj elektroforezi, dok sekvencioniranje puške ne ovisi. Dakle, ovo je i razlika između sekvenciranja pušaka i slijeđenja sljedeće generacije. Štoviše, u usporedbi sa sekvenciranjem pušaka, slijedeće generacije sljedeće generacije vrlo su osjetljive i vrlo precizne .

Sažetak - Sekvenciranje pušaka u odnosu na sljedeće generacije

Sekvenciranje pušaka i sekvenciranje sljedeće generacije dvije su metode sekvenciranja koje se koriste u sekvenciranju genoma. Obje su metode brze i isplative metode. NGS djeluje na principu sekvenciranja milijuna sekvenci istovremeno na brzi način kroz sustav sekvenciranja. Suprotno tome, sekvencioniranje sačmarica zahtijeva razbijanje genoma na male fragmente i sekvenciranje i ponovno sastavljanje koristeći sekvence koje se preklapaju. Dakle, ovo sažima razliku između sekvenciranja pušaka i slijeđenja sljedeće generacije.

Referenca:

1. „Složeni genomi: Sekvenciranje pušaka“ Vijesti iz prirode, Grupa za izdavanje Nature, dostupne ovdje.
2. Behjati, Sam i Patrick S Tarpey. "Što je slijeđenje sljedeće generacije?" Arhiva bolesti u djetinjstvu. Izdanje za obrazovanje i praksu, BMJ Publishing Group, prosinac 2013., dostupno ovdje.

Ljubaznošću slike:

1. „Sekvenciranje pušaka u cijelom genomu prema hijerarhijskom sekvenciranju pušaka“ By Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Metode računske biologije i njihova primjena u komparativnoj genomiki endocelularnih simbiotskih bakterija insekata.“ Biol. Postupci putem interneta (2009). Pristupljeno putem SpringerImages (CC BY-SA 2.5) putem Commons Wikimedia
2. "HiSeq 2000" autora RE73 - Vlastiti rad (CC BY-SA 3.0) putem Commons Wikimedia