Razlika između shRNA i siRNA

shRNA vs siRNA

Tijekom procesa interferencije RNA (RNAi), ekspresija ciljnog gena se ruši s velikom specifičnošću i selektivnošću. RNAi je prirodni proces i uključuje male interferirajuće RNK (siRNA) i kratku dlaku RNA (shRNA) i bi-funkcionalnu shRNA. Trenutno se RNAi naširoko koristi kao alat za personaliziranu terapiju raka. Primjena RNAi u osnovi se vrši s kemijski sintetiziranom dvolančanom siRNA i vektorskim molekulama shRNA. Iako ove dvije molekule imaju slične funkcionalne ishode, razlikuju se po svojoj strukturi; stoga se molekularni mehanizmi djelovanja, putevi RNA i izvan ciljani efekti ove dvije molekule također razlikuju.

shRNA

shRNA je slijed male RNA molekule koja čini tijesan zavoj koji se može koristiti za prigušivanje ekspresije ciljanog gena tijekom RNAi. Ekspresija shRNA postiže se vektorom, koji može biti ili virus ili bakterija ili isporukom plazmida. Sintetiziraju se u jezgri stanica i transportiraju u citoplazmu radi daljnjih procesa. Ove molekule imaju slične staze sazrijevanja miRNA; stoga je sinteza miRNA osnova za razumijevanje sinteze shRNA. Ili RNA polimeraza II ili III može transkribirati shRNA putem promotora RNA polimeraze II ili III. Prednost upotrebe shRNAs je ta što imaju relativno nisku stopu degradacije i prometa. Nedostatak je što mu je potreban ekspresijski vektor, što može uzrokovati neke sigurnosne probleme.

siRNK

siRNA su dvolančane RNA molekule sastavljene od 20 do 25 baza para duljine. Oni se koriste za supresiju gena prigušivanjem bilo kojeg gena s komplementarnim nukleotidnim nizom u RNAi putu. Propadanje gena transfekcijom siRNA često je neuspješno zbog prolaznog učinka; posebno kod brzo dijelećih stanica i supresije ne traju duže. Da bi se riješio taj problem, siRNA se modificira uvođenjem kratke strukture dlačica. Ta je modificirana molekula tada poznata kao shRNA. shRNA bi se trebala prevesti u siRNA pomoću Dicer-a kako bi se nastavilo sa normalnom funkcijom.

Koja je razlika između shRNA i siRNA?

• Za razliku od siRNA, shRNA ima dodatnu strukturu dlake. shRNA je modificirana verzija siRNA.

• shRNA zahtijeva ekspresijski vektor, dok siRNA ne.

• shRNA se može koristiti za dugoročno knockdown, dok se siRNA može koristiti samo za kratkotrajno knockdown gena.

• Za razliku od supresije gena siRNA, supresija shRNA je dugotrajna, a ako se umetne putem odgovarajućeg virusnog vektora, može proizvesti trajne efekte prigušivanja gena.

• Potrebno je ljepše pretvoriti shRNA natrag u molekulu siRNA kako bi izvršili njene normalne funkcije.