Razlika između SYBR Green i Taqman
Share
Ključna razlika - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green i Taqman dvije su metode koje se koriste za otkrivanje ili gledanje procesa amplifikacije PCR-a u stvarnom vremenu. SYBR Green je metoda koja se temelji na interkaliranju bojenja nukleinske kiseline, dok je Taqman metoda koja se temelji na sondi za hidrolizu. Obje su tehnologije dizajnirane za generiranje fluorescencije tijekom PCR-a, što omogućava PCR uređaju u stvarnom vremenu da nadzire reakciju u "stvarnom vremenu".. SYBR Green metoda provodi se korištenjem fluorescentne boje zvane SYBR green i otkriva pojačavanje vezanjem boje za proizvedenu dvolančanu DNK. Taqman se provodi pomoću dvostruko označenih sondi i detektira pojačavanje degradacijom sonde pomoću Taq polimeraze i oslobađanje fluorofora. Ovo je ključna razlika između SYBR Green-a i Taqmana.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je SYBR Green
3. Što je Taqman
4. Usporedna usporedba - SYBR Green vs Taqman
5. Sažetak
Što je SYBR Green?
SYBR Green je fluorescentna boja koja se koristi za bojenje nukleinskih kiselina, posebno dvolančane DNK u Molekularnoj biologiji. SYBR Green metoda koristi se za kvantificiranje PCR proizvoda tijekom PCR-a u stvarnom vremenu. Jednom kada se veže s DNK, rezultirajući kompleks boja-DNA apsorbira plavu svjetlost i emitira intenzivno zeleno svjetlo. To se događa uslijed strukturne promjene do koje dolazi u molekuli boje nakon vezanja s dvolančanom DNK. Kad PCR stvara sve više i više DNK, više molekula boje se veže s DNK, stvarajući više fluorescencije. Stoga se fluorescencija povećava s nakupljanjem PCR proizvoda. Stoga se količina PCR proizvoda može kvantitativno mjeriti SYBR Green fluorescence detekcijom.
SYBR zelena boja može se koristiti i za označavanje DNK u citometriji i fluorescentnoj mikroskopiji. Etidij bromid uspješno je zamijenjen SYBR Green budući da je Ethidium bromid kancerogena boja s problemima odlaganja tijekom vizualizacije DNA u gel elektroforezi.
Postoje prednosti i nedostaci zelene metode SYBR. Ova je metoda vrlo osjetljiva, jeftina i jednostavna za upotrebu. Međutim, zbog njegove sposobnosti da se veže za bilo koju dvolančanu DNK, nespecifično vezanje može dovesti do prevelike kvantifikacije PCR proizvoda.
Slika 01: SYBR Zelena tehnika
Što je Taqman?
Taqman je alternativna metoda SYBR Green-u za nadgledanje PCR procesa u stvarnom vremenu. Ova metoda ovisi o 5 '- 3' eksonukleaznoj aktivnosti enzima Taq polimeraze radi razgradnje sondi tijekom produljenja nove niti i oslobađanja fluorofora. U ovoj se metodi koriste dvostruko označene sonde koje se temelje na hidrolizi sondi. Sonde su fluorescentno označene DNA oligonukleotidi koji imaju fluorescentni reporterski molekul (fluorofor) na 5 'kraju i molekulu ugasivanja na 3' kraju. Dizajnirani su tako da se vežu za jednolančani predložak na suprotnoj strani temeljnog premaza. Taq polimeraza dodaje nukleotide prajmeru i proširuje novu nit prema sondi s dvostrukom oznakom. Kad se Taq polimeraza susretne s sondom, djelovanje eksonukleaze Taq polimeraze aktivira i degradira sondu. Jednom kada završi sintezu novog niti, sonda se podvrgne potpunoj razgradnji i oslobodi fluorofor. Oslobađanje fluorofora stvara fluorescenciju. Fluorescentna molekula učinkovito ugasi odašiljenu svjetlost i stvara izlaz za kvantifikaciju PCR proizvoda. Oslobađanje fluorofora i količina PCR proizvoda proporcionalna je. Stoga se kvantifikacija može jednostavno izvršiti Taqmanovom metodom.
Slika 02: Taqman metoda
Taqman metoda se koristi u PCR u stvarnom vremenu, kvantifikacija ekspresije gena, detekcija genetskih polimorfizama, kvantifikacija delecija kromosomske DNK, identifikacija bakterija, provjera mikroarray analize, SNP genotipizacija itd..
Koja je razlika između SYBR zelene i Taqmana?
SYBR Green vs Taqman | |
| SYBR Green temelji se na boji za vezanje DNA. | Taqman ovisi o hibridizacijskim sondama i 5 'do 3' eksonukleaznoj aktivnosti Taq polimeraze. |
| Fluorescentno označene sonde | |
| Nisu potrebne fluorescentno označene sonde. | Potrebne su dvostruko označene sonde. |
| Multipleksna genska analiza | |
| Ne može se koristiti za višestruke ciljeve gena. | Može se koristiti za multipleks genske ciljeve. |
| cijena | |
| Ovo je manje skupo. | Ovo je skuplje. |
| Specifičnost | |
| Ovo je manje specifično i veže se s bilo kojom DNK dvostrukog lanca | Ovo je vrlo specifično jer sonde otkrivaju specifične pojačane proizvode. |
| efikasnost | |
| Ovo je manje učinkovito. | Ovo je vrlo učinkovito. |
| primjena | |
| Koristi se u PCR-u u stvarnom vremenu, vizualizaciji agaroznog gela, označavanju DNA itd. | Koristi se u PCR u stvarnom vremenu, kvantifikacija ekspresije gena, otkrivanje genetskih polimorfizama itd. |
Sažetak - SYBR Green i Taqman
Taqman i SYBR zelena dvije su metode korištene u PCR-u u stvarnom vremenu (kvantitativni PCR). Obje metode omogućavaju učinkovito kvantificiranje PCR proizvoda i ovise o emisiji fluorescencije. Taqmanova metoda koristi dvostruko označene sonde za otkrivanje akumulirane DNK, dok SYBR Green metoda koristi fluorescentno bojilo. Obje ove metode imaju različite primjene u molekularnoj biologiji.
Referenca:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour i Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Usporedba SYBR Green i TaqMan metoda u kvantitativnoj analizi lančane reakcije polimeraze u stvarnom vremenu četiri podtipa receptora adenozina." Napredna biomedicinska istraživanja. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13. ožujka 2017.
2. "Osnovna načela PCR u stvarnom vremenu." PCR u stvarnom vremenu, kvantitativni (qPCR), početnici i Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Mreža. 13. ožujka 2017.
3. "Zelena SYBR i ostale PCR boje u stvarnom vremenu." Biocompare. N.p., 05. travnja 2010. Web. 14. ožujka 2017
Ljubaznošću slike:
1. "PCR sa SYBR zelenim" Autor: -Ygonaar 23:09, 7. ožujka 2006. (UTC) - Graf je stvorio Ygonaar s Power Pointom, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. "Taqman" Korisnik: Braindamaged - Vlastiti rad (Public Domain) putem Commons Wikimedia
