Razlika između VNTR i STR

Ključna razlika - VNTR u odnosu na STR
 

DNK studije imaju ogromnu korisnost u razumijevanju i utvrđivanju filogenetskih odnosa, dijagnosticiranju genetskih bolesti i mapiranju genoma organizma. Nekoliko tehnika povezanih s DNK analizom koristi se za identifikaciju određenog gena ili DNK sekvence u grupi nepoznatih DNK. Poznati su kao genetski markeri. Genetski markeri se koriste u molekularnoj biologiji za identifikaciju genetske varijacije između jedinki i vrsta. Promjenjivo ponavljanje tandema s brojevima (VNTR) i kratko ponavljanje u tandemu (STR) dvije su genetske markere koji pokazuju polimorfizam kod pojedinaca. Obje vrste su nekodirajuća ponavljajuća DNA koja se ponavlja u tandemu. Oni su poredani kromosomima od glave do repa. VNTR je dio genoma gdje se kratki nukleotidni niz ponavlja nekoliko puta. STR je još jedan odsječak DNA unutar genoma koji je organiziran kao ponavljajuće jedinice koje se sastoje od dva do trinaest nukleotida u sto puta. Ključna razlika između VNTR i STR je broj nukleotida u ponavljajućem nizu. Ponavljajuće jedinice VNTR sastoje se od 10 do 100 nukleotida dok se ponavljajuća jedinica STR sastoji od 2 do 13 nukleotida. VNTR i STR često se koriste u forenzičkim studijama.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je VNTR 
3. Što je STR
4. Sličnosti između VNTR i STR
5. Usporedna usporedba - VNTR prema STR u tabličnom obliku
6. Sažetak

Što je VNTR?

Ponavljanje u tandemu kratki je niz DNK koji se ponavlja glavom u rep na određenom kromosomskom lokusu. Nema drugog niza ili nukleotida unutar ponavljanja tandema. Postoji nekoliko vrsta ponavljanja tandema u genomu. VNTR je vrsta ponavljanja tandema među njima koja ima ponavljajuće jedinice koje se sastoje od 10 do 100 nukleotida. VNTR je vrsta minijatureta. Ta ponavljanja u tandemu mogu se naći u mnogim kromosomima. Oni su isprepleteni unutar ljudskog genoma i smješteni su pretežno u subtelomerskim regijama kromosoma.

 VNTR-i pokazuju polimorfizam u tandemu koji se ponavlja kod pojedinaca. Duljina VNTR-a na određenom mjestu kromosoma vrlo je promjenjiva među pojedincima zbog varijacije u broju jedinica koje se ponavljaju organizirane u tom odjeljku DNA. Stoga se VNTR može koristiti kao moćan alat za identifikaciju pojedinaca, a VNTR analiza koristi se na mnogim poljima, uključujući genetiku, biološka istraživanja, forenziku i ispis DNK-a. VNTR su bili prvi genetski markeri koji su korišteni za kvantificiranje ugradnje transplantacije koštane srži. VNTR su bili i prvi polimorfni markeri koji su korišteni za DNK profilisanje u forenzikama.

Slika 01: Varijacija VNTR-a kod šest osoba

VNTR analiza se vrši putem polimorfizma dužine restrikcije, nakon čega slijedi hibridizacija na jugu. Stoga mu je potreban usporedno veliki uzorak DNK. Tumačenje VNTR profila također je problematično. Zbog ovih ograničenja, uporaba VNTR-a u forenzičkoj genetici je ograničena i zamjenjuje ga STR analiza.

Što je STR?

STR je jako ponavljajući odsječak DNA koji se sastoji od dvije do trinaest nukleotidnih ponavljajućih jedinica koje su organizirane u tandemu. STR je sličan VNTR. Ali VNTR varira od broja nukleotida u redoslijedu koji se ponavlja i broja ponavljanja. STR je vrsta mikrosatelita.

STR analiza uključena u mjerenje točnog broja ponavljajućih jedinica. STR-ovi su vrlo varijabilni među pojedincima, slično kao VNT-ovi. STR profili se razlikuju od osobe do osobe. Stoga se STR molekularna analiza koristi u molekularnoj biologiji za usporedbu specifičnih lokusa na DNA iz dva ili više uzoraka. Zbog toga se STR smatraju snažnim genetskim markerima u molekularnoj biologiji. Pruža odličan alat za identifikaciju pojedinaca zbog visokog stupnja polimorfizma i relativno kratke duljine.

Trenutno su STR najčešće korišteni analitički genetski polimorfizmi u forenzičkoj genetici. Većina forenzičkih slučajeva uključuje STR polimorfnu analizu. STR lokusi su raspoređeni po cijelom genomu. Postoji nekoliko tisuća STR-ova smještenih u kromosomima koji se mogu koristiti u forenzičkoj analizi. STR analiza ne uključuje polimorfizam restriktivne duljine kao što je VNTR analiza. STR analiza ne smanjuje DNK restrikcijskim enzimima. Za pričvršćivanje željenih područja na DNA koriste se specifične sonde, a pomoću PCR tehnike određuju se duljine STR.

Slika 02: Varijacija STR između uzoraka

Koje su sličnosti između VNTR i STR?

• VNTR i STR su nekodirajući DNK.
• Oba su tandem ponavljanja.
• Oboje pokazuju polimorfizam među pojedincima zbog razlike u duljini presjeka DNK.
• Oboje se koriste kao snažni genetski markeri u ispisu DNK prsta i u forenzičkim studijama.

Koja je razlika između VNTR i STR?

VNTR vs STR
VNTR je nekodirajuća ponavljajuća DNA koja ima kratki nukleotidni niz koji se ponavlja u tandemu.	STR je jako ponavljajući odsječak DNA koji se sastoji od dvije do trinaest nukleotidnih ponavljajućih jedinica koje su organizirane u tandemu.
Veličina
VNTR su veći od STR.	STR-ovi su manji od VNTR-a.
Broj nukleotida u redoslijedu koji se ponavlja
Jedinica VNTR koja se ponavlja ponavlja se sastoji od 10 do 100 nukleotida.	Jedinica koja se ponavlja ponavlja se sastoji od 2 do 13 nukleotida.

Pregled - VNTR i STR

VNTR i STR dva su snažna genetska obilježja koja se koriste u molekularnoj biologiji, posebno u području forenzičke genetike. VNTR je vrsta mini satelita, a STR je mikrosatelit. VNTR i STR su nekodirane, visoko ponavljajuće DNK. To su tandem ponavljanja. Opća struktura VNTR i STR su iste. Međutim, broj nukleotida u redoslijedu koji se ponavlja i duljina su različiti. VNTR ima ponavljajuće sekvence koje se sastoje od 10 do 100 nukleotida. STR ima ponavljajuće sekvence koje se sastoje od 2 do 13 nukleotida. Ovo je razlika između VNTR i STR.

Preuzmi PDF verziju VNTR vs STR

Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti je za izvanmrežne svrhe, prema navodima citata. Preuzmite PDF verziju ovdje Razlika između VNTR i STR.

Reference:

1. "Nauka o forenzičkoj genetici." CRG - Vijeće za odgovornu genetiku. N.p., n.d. Mreža. Dostupno ovdje. 10. srpnja 2017.
2. "STR analiza". Wikipedia. Zaklada Wikimedia, 22. ožujka 2017. Web. Dostupno ovdje. 10. srpnja 2017.

Ljubaznošću slike:

1. "D1S80Demo" napisao PaleWhaleGail na engleskoj Wikipediji (CC BY-SA 3.0) preko Commons Wikimedia