Razlika između sekvenciranja cijelog genoma i sekvenciranja egoma

ključna razlika Između sekvenciranja cijelog genoma i eksome sekvenciranja je da je sekvenciranje cjelokupnog genoma cjelokupni genom organizma, dok sekvence exome sekvence su samo exome ili geni koji kodiraju proteine ​​u organizmu.

Sekvenciranje je tehnika koja određuje precizan redoslijed nukleotida u određenoj molekuli DNK. Ona samo odražava točan redoslijed četiri baze; adenin (A), gvanin (G), citozin (C) i timin (T) u fragmentu DNA. Postoji nekoliko metoda sekvenciranja kao što su Sanger sekvenciranje, sekvencija sljedeće generacije itd. Nadalje, bilo koji kompletan genom organizma (sekvenciranje cijelog genoma) ili samo geni koji kodiraju proteine ​​u genomu (exome sekvenciranje) mogu se podvrgnuti sekvenciranju.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključne razlike
2. Što je sekvencija cijelog genoma
3. Što je izdvajanje sekvenci
4. Sličnosti između sekvenciranja cijelog genoma i sekvenciranja egoma
5. Usporedna usporedba - Sekvenciranje cijelog genoma u odnosu na postojeće sekvence u tabelarnom obliku
6. Sažetak

Što je cjelovita sekvencija genoma?

Ljudski genom sadrži gotovo tri milijarde baznih parova DNK. Čitavo sekvencioniranje genoma je metoda koja slijedi cjelokupni genom organizma. Stoga se u sekvenciranju cijelog genoma razmatra cijela kolekcija molekula DNA, uključujući dohotke, introne, intergenetske prostore itd. Štoviše, čitavi nizovi sekvenciranja genoma ne samo genom koji se nalazi unutar jezgre, već i DNK mitohondrija..

Slika 01: Sekvenciranje cijelog genoma

Pripremajući ovo sekvenciranje, prvi korak je izvlačenje čitave DNK. Zatim, ekstrahirana DNA prolazi postupak sekvenciranja koristeći prikladnu metodu sekvenciranja. Analizom rezultirajućih sekvenci, koristeći bioinformatički alat, možemo pronaći rijetke bolesti, rak, zarazne bolesti itd..

Što je izdvajanje sekvenci?

Exome je dio genoma koji sadrži oko 1,5% genoma, a zbirka je egzona. Egzoni su nizovi koji se prepisuju u mRNA, a zatim u konačni protein. Dakle, exome sekvence sekvence su čitave sekvence kodiranja proteina u genomu. Niz sekvenciranja otkriva genetske poremećaje jer većina genetskih poremećaja nastaje zbog mutacija gena koji kodira protein. Stoga dijagnostički procesi genetskih poremećaja često koriste egzekvencijsko sekvenciranje kao metodu za dijagnosticiranje bolesti. Također, u usporedbi sa cijelom aplikacijom za sekvenciranje genoma za genetičko testiranje, exome sekvenciranje zahtijeva manje vremena za korištenje i jeftinije je.

Slika 02: Redoslijed izuzetaka

U exome sekvenciranju, prvo je potrebno odabrati samo sekvence koje kodiraju proteine ​​iz ukupne DNK. Imajte na umu da ljudi imaju oko 180000 sekvence kodiranja proteina. Zatim se exome sekvencira korištenjem metode sekvenciranja s visokom propusnošću.

Koje su sličnosti između sekvenciranja cijelog genoma i sekvenciranja egoma?

• Djelokrug sekvenciranja genoma i sekvence eksometa dvije su primjene sekvenciranja.
• Obje metode su korisne u određivanju ispravnog redoslijeda nukleotidne sekvence u obje metode.
• Također, bioinformatika pomaže u obje tehnike za analizu podataka.

Koja je razlika između sekvenciranja cijelog genoma i sekvenciranja egoma?

Sekvence s čitavim genima sekvenciraju čitavu DNK genoma organizma, dok sekvencije exome sekvenciraju samo sekvence koja kodiraju proteine ​​iz genoma. Stoga je to temeljna razlika između sekvenciranja cijelog genoma i sekvenciranja exoma. Iako su obje metode široko korištene za utvrđivanje ispravnog redoslijeda nukleotidne sekvence, čitavo sekvenciranje genoma je skupo i dugotrajno u odnosu na sekvencu exome.

U nastavku su prikazane razlike između sekvenciranja cjelokupnog genoma i eksome sekvenciranja.

Sažetak - Sekvenciranje čitavog genoma naspram Sekvenciranja nekoga

Sekvenciranje otkriva precizan redoslijed baza u DNK fragmentu i to može biti bilo sekvenciranje cijelog genoma ili exome sekvenciranje. Ovdje cjelokupni genomski nizovi slijede kompletan genom organizma dok egome sekvence imaju samo proteine ​​koji kodiraju proteine. Uzimajući u obzir njihovu primjenu, cjelovito sekvenciranje genoma korisno je za analizu genetskih aberacija kao što su varijacije pojedinačnih nukleotida, brisanja, ubacivanja itd. U cijeli genom, dok je sekvenciranje exoma korisno u otkrivanju genetskih bolesti. Dakle, ovo je razlika između sekvenciranja cijelog genoma i eksome sekvenciranja.

Referenca:

1. "Sekcioniranje cijelog gena naspram cjelovitog egome sekvenciranja u odnosu na ciljane ploče za sekvenciranje." Healio, SLACK Incorporated. Dostupno ovdje  
2. "Što su sekvenciranje cijelog egza ili sekvencioniranje cijelog genoma? - Početna stranica Genetics - NIH. " Američka nacionalna medicinska knjižnica, Nacionalni zavodi za zdravstvo. Dostupno ovdje  

Ljubaznošću slike:

1. "Sekvenciranje pušaka u cijelom genomu prema hijerarhijskom sekvenciranju pušaka" By Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - "Metode računske biologije i njihova primjena u komparativnoj genomiki endocelularnih simbiotskih bakterija insekata." (CC BY-SA 2.5) putem Commons Wikimedia  
2. "Exome Sequisting Workflow 1a" SarahKusala - Vlastiti rad, (CC BY 3.0) preko Commons Wikimedia