U prošlosti, Archaea klasificirani su kao bakterija i bili su pozvani arhabakterije. Ali otkriveno je da arheje imaju različitu evolucijsku povijest i biokemiju u usporedbi sa
Sve do sredine 20. stoljeća biolozi su sva živa bića klasificirali kao biljku ili životinju. Ali ovaj sustav nije uspio prihvatiti gljivice, proteiste i bakterije. Tako se do 1970-ih klasifikacijski sustav razvio u ono što je bilo poznato pod nazivom Pet kraljevstava - prokarioti (bakterije) i eukarioti (biljke, životinje, gljivice, protisti). Za eukariote je karakteristična prisutnost jezgara, citoskeleta i unutarnjih membrana u njihovim stanicama.
U kasnim 1970-ima dr. Carl Woese i njegovi kolege sa Sveučilišta u Illinoisu identificirali su skupinu mikroorganizama čija se genetska struktura znatno razlikovala od ostalih bakterija. Tako su podijelili prokariotski život u ono što su nazvali archaeabacteria i eubakterije. Međutim, kasnije su zaključili da su "arhebabakterije" dovoljno različite da uopće ne budu bakterije. Tako su grupe preimenovane u Archaea i bakterija.
Stablo života koje prikazuje klasifikaciju svih živih organizama.I arheje i eubakterije slične su oblika i veličine. Oboje se nalaze kao šipke, koke, spirale, ploče ili umotane.
Opća stanična struktura arheje i bakterija je ista, ali sastav i organizacija nekih struktura razlikuju se kod arheja. Slično bakterijama, arheje nemaju unutarnju membranu, ali obje imaju staničnu stijenku i koriste flagele za plivanje.
Archaea se razlikuju po tome što njihova stanična stijenka ne sadrži peptidoglikan, a stanična membrana koristi eterski povezane lipide za razliku od lipida povezanih s bakterijama.
Archaea flagella evoluirala je iz bakterijskog pilija tipa IV, dok je bakterijska flagella evoluirala iz sekrecijskog sustava tipa III. Bakterijski flagellum je poput stabljike koja je šuplja i sastavljena je od podjedinica koje se slobodno kreću prema središnjoj pore dodajući na vrh flagela, dok se u arhee podjedinice flagella dodaju u bazu.
Archaea razmnožavaju se aseksualno procesom binarne fisije, pupoljka i fragmentacije. eubakterije razmnožavaju se aseksualno putem binarne fisije, pupoljka, fragmentacije, ali eubakterije imaju jedinstvenu sposobnost stvaranja spora da tijekom godina ostanu mirne, osobina koju Archaea ne pokazuje. Rast bakterija slijedi u tri faze, zaostala faza kada se stanice prilagođavaju novom okruženju, log fazna obilježavanja eksponencijalni rast i stacionarna faza kada se hranjive tvari potroše.
Archaea može preživjeti u ekstremnim i oštrim okruženjima poput vrućih izvora, slanih jezera, močvarnih područja, oceana, crijeva preživača i ljudi. eubakterije su sveprisutne i nalaze se u tlu, vrelima, radioaktivnim otpadnim vodama, Zemljinoj kori, organskim tvarima, tijelima biljaka i životinja itd..