Razlika između AFLP i RFLP

Ključna razlika - AFLP vs RFLP
 

DNK studije imaju ogromnu važnost u razumijevanju i utvrđivanju filogenetskih odnosa, dijagnosticiranju genetskih bolesti i mapiranju genoma organizma. Nekoliko tehnika povezanih s DNK analizom također se koristi za identifikaciju određenog gena ili DNK sekvence u grupi nepoznatih DNK. Poznati su kao molekularni markeri. Polimorfizam dužine pojačanog fragmenta (AFLP) i Polimorfizam duljine fragmenta restrikcije (RFLP) su dva takva molekularna markera (metode) razvijena u molekularnoj biologiji za otkrivanje genetske varijacije između organizama. Obje su metode podjednako važne i imaju prednosti i nedostatke. Ključna razlika između AFLP i RFLP je u tome AFLP uključuje selektivno PCR umnožavanje probavljene DNK dok RFLP ne uključuje selektivno PCR umnožavanje fragmenata DNA..

SADRŽAJ
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je AFLP
3. Što je RFLP
4. Usporedna usporedba - AFLP vs RFLP
5. Sažetak

Što je AFLP?

AFLP (polimorfizam dužine pojačanog fragmenta) važan je alat u molekularnoj biologiji i široko se koristi u analizi genetičkih varijacija. AFLP se temelji na specifičnom PCR amplifikaciji fragmentirane genomske DNA i detekciji polimorfizma autoradiografima pomoću gel elektroforeze. AFLP uvelike doprinosi utvrđivanju genetskih razlika u sojevima ili srodnim vrstama raznih kraljevstava, uključujući biljke, životinje, bakterije i gljivice. AFLP se može provesti s malim količinama nepoznatih DNK uzoraka. Ne zahtijeva prethodno poznavanje sekvence i projektiranje sondi.

Koraci AFLP-a

1. Izolacija DNA
2. Digestija DNA s restriktivnim endonukleazama
3. Ligacija ograničenih fragmenata DNA adapterima
4. Selektivno pojačavanje fragmenata s određenim mjestima restrikcije
5. Razdvajanje PCR proizvoda gel-elektroforezom
6. Vizualizacija gel matrice autoradiografom

AFLP je osjetljivija i reproducibilnija metoda koja se može upotrijebiti u DNK profiliranju nekoliko svojti, uključujući gljivice, bakterije, biljke i životinje bez prethodnog znanja DNK sekvenci. Pomaže u prepoznavanju malih razlika među pojedincima u populaciji zbog izrazito osjetljive prirode. AFLP je također važan u mapiranju genoma, forenzičkim studijama, roditeljskom testiranju, genotipizaciji itd.

Slika 01: AFLP

Što je RFLP?

Polimorfizmi dužine restriktivnog fragmenta (RFLPs) je tehnika koja se koristi za otkrivanje genetskih varijacija u homolognim DNK sekvencama. To je prva metoda razvijena za DNK profiliranje. Organizmi imaju jedinstvene DNK otiske prstiju ili DNK profile. RFLP služi kao važno sredstvo za analizu varijacije između DNK profila intraspecifičnih ili usko povezanih organizama, jer homologne sekvence imaju različita mjesta (mjesta) restrikcije koja su jedinstvena za određeni organizam. Kad se homologna DNA digestira sa specifičnim restrikcijskim endonukleazama, to će rezultirati u različitim DNK profilima koji su jedinstveni za svakog pojedinca. Stoga je glavni postupak ove metode otkrivanje genetske varijacije među organizmima ograničavanjem homologne DNA specifičnim restrikcijskim enzimima i analiza polimorfizma duljine fragmenta pomoću gel elektroforeze i blotiranja. Obrasci mrlje jedinstveni su za svaki organizam i karakteriziraju specifične genotipove.

Koraci RFLP-a

1. Izolacija dovoljne količine DNA iz uzoraka
2. Fragmentacija DNK uzoraka s određenom restrikcijskom endonuklijom dolazi u kratak slijed
3. Odvajanje dobivenih fragmenata različite duljine elektroforezom gela u agarozi.
4. Prenošenje geliranog profila u membranu sa južnjačkim upijanjem

5. Hibridizacija membrane s obilježenim sondama i analiza polimorfizma duljine fragmenta u svakom profilu

RFLP je vrlo važna tehnika otkrivanja nasljeđivanja bolesti i pronalaženja rizika od pojave bolesti među članovima obitelji. RFLP se također često koristi u mapiranju genoma, identificiranju kriminalaca u forenzičkoj medicini, testiranju očinstva itd. RFLP također ima nekoliko ograničenja. RFLP zahtijeva prethodno poznavanje podataka o sekvenci za projektiranje sondi za hibridizaciju. Također zahtijeva izolaciju dovoljne količine DNA iz uzorka za analizu, što je teško za forenzičke studije.

Slika 01: RRFLP mapiranje

Koja je razlika između AFLP i RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP uključuje selektivno PCR umnožavanje probavljene DNK.	RFLP ne uključuje PCR osim ako nije PCR-RFLP.
Znanje u slijedu
Znanje prethodnog slijeda nije potrebno.	Za dizajnirane RFLP sonde potrebno je prethodno znanje o sekvenci.
Pouzdanost
Ovo je pouzdanije.	Ovo je manje pouzdano u usporedbi s AFLP-om.
Učinkovitost u otkrivanju polimorfizma
Ovo ima veću učinkovitost u otkrivanju polimorfizma od RFLP-a.	Ovo je manje učinkovito u odnosu na AFLP.
cijena
Ovo je malo skuplje u odnosu na RFLP.	Ovo je jeftinije u odnosu na AFLP.
Prijave
AFLP-ovi su primijenjeni za mapiranje genoma, uzimanje otisaka DNK, studije genetske raznolikosti, testiranje očinstva i forenzika	RFLP analiza je važan alat za mapiranje genoma, lokalizaciju gena za genetske poremećaje, određivanje rizika od bolesti i testiranje očinstva.

Sažetak - AFLP vs RFLP

AFLP i RFLP dvije su tehnike koje se koriste kao genetski markeri za ocjenu raznolikosti i procjenu genetskih odnosa u molekularnoj biologiji. AFLP služi kao učinkovita i osjetljiva metoda otkrivanja genetskog polimorfizma između organizama nego RFLP. Međutim, iako obje ove metode imaju različite učinkovitosti u otkrivanju genetskih varijacija, one se još uvijek koriste za uzimanje otisaka DNK i dijagnozu bolesti..

Referenca:
„1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. i Anete P. De Souza. "Usporedba markera RAPD, RFLP, AFLP i SSR za studije raznolikosti u linijama roda tropskog kukuruza." Genetika i molekularna biologija. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19. ožujka 2017
2. "Polimorfizam ograničenja duljine fragmentacije (RFLP)." Nacionalni centar za biotehnološke informacije. Američka nacionalna medicinska knjižnica, n.d. Mreža. 19. ožujka 2017
3. Masiga D. K. i Turner C. M. (2004). "Pojačana (restriktivna) fragmentna duljina polimorfizma (AFLP) analiza". Metode Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Mreža. 19. ožujka 2017

Ljubaznošću slike:
1. "ALFP" Barbarossa s nizozemske Wikipedije - prebačeno iz nl.wikipedia u Commons. (Javna domena) putem Commons Wikimedia
2. "RFLP preslikavanje", autor Retama - Vlastiti rad (GFDL) putem Commons Wikimedia