Izrazi za slaganje gela i gela za razdvajanje koriste se u objašnjavanju tehnike SDS-PAGE. SDS-PAGE ili elektroforeza natrijevog dodecil sulfat-poliakrilamid gela laboratorijska je tehnika koja se koristi za odvajanje molekula proteina na temelju njihove molekularne težine. Teorija koja stoji iza tehnike je da proteini s različitom molekularnom težinom pokazuju različite stope migracije; Molekule male molekulske težine migriraju brže, dok molekule velike molekulske mase migriraju sporo. Medij za migraciju je gel. Postoje dvije vrste gelova nazvanih gel za slaganje i gel za odvajanje. ključna razlika između gela za slaganje i gela za razdvajanje je to pH gela za slaganje je 6,8 dok je pH gela za razdvajanje 8,8.
1. Pregled i ključne razlike
2. Što je gel za slaganje
3. Što je razdvajajući gel
4. Odnos gela za slaganje i gela za razdvajanje
5. Usporedba - Usporedba gela i gela za razdvajanje u tabličnom obliku
6. Sažetak
Gel za slaganje je nisko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se postavlja na vrh koncentriranog razdvajajućeg gela (gel za odvajanje) u SDS-PAGE tehnici. Gel za slaganje koristi se za poboljšanje razlučivosti elektroforeze. Rezolucija se povećava zbog razlike između koncentracija gela za slaganje i gela za otapanje koji djeluju na proteine u uzorku. Budući da je koncentracija poliakrilamida u gelu za slaganje mala, veličina pora je veća. To također pomaže u povećanju odvojenosti.
Gel za slaganje je labavi poliakrilamidni gel s velikim porama od oko 7% poliakrilamida. Te pore ne djeluju kao znatna barijera za velike proteinske molekule. Stoga ovaj gel malo utječe na pokretljivost tih proteina. To čini razdvajanje prema pokretljivosti i veličini proteina koncentriranjem između dva gela.
Slika 01: SDS-PAGE akrilamidni gel
PH gela za slaganje je 6,8. Njezin pH je kiseliji nego kod otapanja gela za 2 pH jedinice. Ovaj pH podrazumijeva nižu ionsku čvrstoću, a time i veći električni otpor. To izaziva pokretljivost proteina od ostalih nabijenih čestica koje se nalaze u gelu.
Gel za razdvajanje ili gel za otapanje SDS-PAGEtechnique je visoko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se postavlja na vrh nisko koncentriranog gela za slaganje. Gel za razdvajanje sadrži veliku količinu poliakrilamida (10%). PH ovog gela održava se kao pH = 8,8, što je viša razina pH od one kod gela za slaganje.
Slika 02: Aparat za elektroforezu u gelu
Kad proteinske molekule dođu do gena za razdvajanje, migracija tih molekula se usporava jer je separacijski gel visoko koncentrirani gel male veličine pora koji može djelovati kao značajna barijera za kretanje proteinskih molekula. Ovo usporavanje omogućuje da se ostali proteini polako migriraju kako bi se zahvatili, što rezultira uskom koncentriranom vrpcom između dvaju gelova.
Slaganje gela u odnosu na odvajanje gela | |
Glag za slaganje je nisko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se postavlja na vrh koncentriranog razdvajajućeg gela (gel za odvajanje) u SDS-PAGE tehnici. | Gel za razdvajanje ili gel za otapanje SDS-PAGE tehnike je visoko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se postavlja na vrh nisko koncentriranog gela za slaganje. |
plasman | |
Gel za slaganje se stavlja na otapajući (razdvajajući) gel. | Gel za razdvajanje stavlja se na dno spremnika koji se koristi za elektroforezu gela. |
Koncentracija | |
Koncentracija gela za slaganje je visoka. | Koncentracija gela za razdvajanje je niska. |
Sadržaj poliakrilamida | |
Gel za slaganje sadrži oko 7% poliakrilamida. | Gel za razdvajanje sadrži oko 10% poliakrilamida. |
pH | |
PH gela za slaganje je 6,8. | PH gela za razdvajanje je 8,8. |
Veličina pore | |
Velike veličine pora prisutne su u gelu za slaganje. | Male veličine pora prisutne su u separacijskom gelu. |
rezolucija | |
Gel za slaganje daje bolju razlučivost. | Gel za odvajanje daje lošu rezoluciju. |
Glazbeni gel za razdvajanje i gel za razdvajanje dvije su vrste poliakrilamidnih gelova koji se koriste za bolje odvajanje molekula proteina u određenom uzorku. Razlika između gela za slaganje i gela za razdvajanje je da je pH gela za slaganje 6,8 dok je pH gela za razdvajanje 8,8.
1. "Poliakrilamid gel elektroforeza." Poliakrilamid gel elektroforeza (teorija): Molekularna biologija Virtualni laboratorij II: Biotehnologija i biomedicinsko inženjerstvo: Amrita Vishwa Vidyapeetham Virtual Lab. Dostupno ovdje
2. "Kako funkcionira SDS-PAGE". Bitesize Bio, 16. veljače 2018. Dostupno ovdje
3. "SDS-PAGE gel za slaganje - BICH 608 (Polymenis-Pettigrew)." Google web lokacije. Dostupno ovdje
1.'SDS-PAGE Acrylamide gel'By Bensaccount na engleskoj Wikipediji, (CC BY 3.0) putem Commons Wikimedia
2. 'Aparat za elektroforezu gela' Autor Jeffrey M. Vinocur - Vlastiti rad, (CC-BY 2.5) preko Commons Wikimedia